大连大学医学院

1947年初，为支援东北解放战争的需要，辽东军区卫生部部长王布君遵照上级指示筹备成立了大连医学院，是抗战胜利后中国共产党创办的第一所正规医学院校。4月，学校更名为关东医学院。

1949年4月，大连大学创建，关东医学院被并入大连大学，改名为大连大学医学院。

1950年7月，大连大学撤销，成立大连医学院。

1953年，学校成为卫生部直属高校。

1955年，开始招收研究生。

1964年，国务院高教部根据中共中央关于平战结合、加强战争观念和三线建设的指示，确定向三线地区迁移部分高校。

1965年国务院正式决定大连医学院全部南迁。国务院高教部、卫生部初步确定校址选在四川省自贡市。10月西南局决定改迁贵州。报经国家计划委员会批准，确定大连医学院及附属医院全体南迁贵州遵义，并于1966年初着手筹建。

遵义医学院

1966年2月，大连医学院派出南迁先遣队30余人和一个20余人的医疗队来到遵义市。南迁先遣队在火车站附近的一家小旅社挂出“遵义医学院筹备处”的牌子开始办公。医疗队则派驻遵义地区医院，开始服务于遵义人民。

1969年5月9日，第一列南迁专列火车抵达遵义，从此，大连医学院更名为遵义医学院。

1980年9月，为支持大连医学院复办，教育部、卫生部决定部分遵义医学院职工陆续北调大连和沈阳。

1981年，学校成为全国首批硕士学位授权单位。

1999年，学校开始与重庆医科大学联合培养博士研究生。

2001年，经贵州省批准，学校与珠海市正式签约建设遵义医学院珠海校区，于2002年夏季落成并投入使用。

2003年9月，广东省珠海市斗门区人民医院正式挂牌为遵义医学院附属第五（珠海）医院。

2005年1月，学校创办遵义医学院医学与科技学院。

2006年，学校成为上海中医药大学联合培养博士研究生基地。

2008年4月，获教育部高等学校本科教学工作水平评估优秀学校称号。

2010年8月，被认定为新增开展硕士推免生工作高校。

2011年，学校开始与上海交通大学联合培养麻醉学专业博士研究生。

2012年11月，学校入选教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。

2013年，学校成为国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。

2015年12月，学校启动校区搬迁工作，迁至新浦校区。

2016年6月，学校与中国高科集团签署合办遵义医学院医学与科技学院的协议。10月，国家卫生和计划生育委员会与贵州省人民政府签订协议共建遵义医学院。同年，入选中西部高校基础能力建设工程。

2017年，药学获得贵州省国内一流学科立项建设，临床医学获得贵州省区域内一流学科立项建设。

遵义医科大学

2018年12月，教育部同意遵义医学院更名为遵义医科大学，由该校参与举办的遵义医学院医学与科技学院也随之更名为遵义医科大学医学与科技学院。同年，遵义医科大学与苏州大学博士联合培养工作正式启动，遵义医科大学附属医院成为苏州大学临床医学博士研究生工作站并获批博士后科研工作站。

2021年10月，遵义医科大学增列为博士学位授予单位。

2022年12月21日，遵义医科大学全科医学院成立。

2023年3月，遵义医科大学生物工程学院成立。