根据上述职责，广州市越秀区食品药品监督管理局设6个内设机构。

（一）广州市越秀区食品药品监督管理局办公室。

负责文电、会务、机要、档案、信息、保密、维稳、信访、修志、政务公开等机关日常工作；承担机关的内部审计、财务、资产管理工作；负责拟订区食品药品监管的事业发展规划并组织实施，组织协调机关信息化建设工作。

（二）广州市越秀区食品药品监督管理局食品安全协调科。

负责食品安全综合协调工作，组织协调有关部门承担食品安全监督工作；负责餐饮业、食堂等消费环节的食品安全监督管理，监督实施餐饮服务食品安全管理规范，协助有关部门开展食品安全风险评估，发布餐饮服务环节食品安全日常监督管理信息。

（三）广州市越秀区食品药品监督管理局保健食品化妆品监管科。

监督国家保健食品、化妆品标准的执行；承担保健食品、化妆品安全信息工作的分析、预测及发布的有关工作；负责保健仪器经营企业许可工作；负责保健食品、化妆品生产经营企业日常监督工作。

（四）广州市越秀区食品药品监督管理局医疗器械监管科。

监督国家医疗器械标准的执行；承担医疗器械标准的有关监管工作；组织实施医疗机构医疗器械使用的监督检查；负责医疗器械不良事件的资料收集、上报工作。

（五）广州市越秀区食品药品监督管理局药品安全监管科。

监督实施药品经营质量管理规范、处方药和非处方药分类管理制度；组织实施特殊药品监督检查；配合有关部门实施国家基本药物制度；负责指导药品检验、药品不良反应和药物滥用的资料收集、上报工作。

（六）广州市越秀区食品药品监督管理局稽查科。

负责组织查处辖区内药品、医疗器械、保健品、化妆品等的研制、生产、流通、使用方面的违法行为；负责重大违法案件的调查处理和开展药品、医疗器械、保健食品、化妆品突发安全事件的应急处置工作；承办有关行政复议、行政诉讼和听证等工作。