2013年8月17日，周口市博物馆被命名为首批河南省省级社会科学普及基地；11月26日，周口市博物馆被河南省委宣传部命名为河南省第五批爱国主义教育示范基地；12月13日，周口市博物馆被授予周口市“青年文明号”荣誉称号。

2014年1月18日，周口市博物馆被河南省爱国卫生运动委员会命名为2013年河南省卫生先进单位。

2015年1月9日，周口市博物馆获“全国人文社会科学普及基地”称号；2月25日，周口市博物馆被周口市委命名为2014年度周口市文明单位；8月16日，周口市博物馆在第七届河南省青少年维权岗评选中获“河南省青少年维权岗”称号；12月26日，周口市博物馆获“河南省青年文明号”称号。

2016年6月21日，周口市博物馆被河南省科学技术协会确定为河南省科普教育基地；10月24日，周口市博物馆被周口市人民政府表彰为“周口市语言文字工作先进单位”；11月3日，周口市文化艺术中心入选河南当代最美建筑二等奖。

2018年3月2日，周口市博物馆被河南省委宣传部表彰命名为“河南省学雷锋活动示范点”称号。；9月18日，周口市博物馆被中国博物馆协会列为“第三批国家二级博物馆”。

2020年5月15日，周口市博物馆获“2019年度周口市社科研究工作先进单位”称号。

2022年5月，周口市博物馆“周口考古成果展”荣获“2021年度河南省优秀陈列展览项目”。

2024年3月，周口市博物馆获评“省级文明旅游示范单位”荣誉称号