（一）办公室。负责组织管理局在景区一线及市内的日常运转，做好综合协调、文秘、政务信息、目标管理、机要保密、档案、信访、监督检查、对外联络、会务、接待和后勤管理等工作。

（二）财务科。负责局机关的财务管理，做好景区各项资金的划拨、使用和管理，按月编制财务收支报表。负责景区资产的监督管理。负责门票资金预算工作及门票收入缴存监督。负责与市、县财政、人社等部门的日常业务对接，下属事业单位的财务监督、内部审计和目标考核工作。

（三）规划建设科。负责组织景区规划的编制、实施、管理，做好景区旅游发展中长期规划和年度发展计划的编制并组织实施及监督管理，配合做好景区土地利用总体规划的修编；负责组织管理、监督检查景区内建设项目和公共基础设施建设规划设计方案和管理局投资建设项目的前期工作，依法审核景区内从事影响生态和景观的建设活动并现场进行监督检查。对《风景名胜区建设许可证》及《风景名胜区建设项目选址意见书》进行前置审核；做好民居建设规划初审及建筑风貌管控。

（四）资源保护管理科（滇川合作科）。做好资源调查，资源保护专项规划编制和保护措施的制定及组织实施。协助市、县职能部门依法管理景区的森林资源、国土资源、水资源等，以及基础设施建设、旅游经营项目的环境影响评价及手续办理；组织实施风景名胜区内民族民间传统文化保护；监管景区村社农户及旅游经营户排污及公共环境卫生，参与调查处理环境污染、破坏事故。负责与四川片区相关机构的日常沟通衔接，协调川滇两省各级各部门推进全湖、全流域的共同保护治理，协调处理跨界纠纷及损害赔偿，落实川滇各级的联席会议、联合巡查督察、联动保护治理等工作。

（五）旅游管理科（应急管理科）。负责配合做好景区旅游规划的修编工作，负责景区旅游行业管理，规范并监督景区内旅游市场秩序及服务质量，受理及组织处理游客投诉监测、应对景区旅游舆情；负责对外旅游宣传营销，旅游信息数据统计报送；组织并申报旅游发展项目资金及景区旅游招商引资项目；开展景区应急管理培训、应急演练、应急救援、应急响应，收集、上报突发事件信息。落实景区安全生产和旅游工作的分解安排及督促检查。

（六）政策法规科（行政审批科）。负责组织景区法制建设、行政执法的审核把关。做好景区各类管理办法草拟、报审，局内规范性文件审核报备，行政复议、行政处罚听证出庭应诉及景区执法监督、法制审核等工作。负责统一办理行政审批事项，统一对行政审批相对人接件、出件。核发《风景名胜区准营证》。

党工委办公室。负责对口联系上级党委、组织、纪委监委、宣传、统战、人事、群团等机构部门工作。依法依规对管理局、开发公司、驻景区各部门、单位及其工作人员实施纪律监察。负责景区门票收入资金和泸沽湖保护治理项目资金管理使用的监督检查。负责机关、下属事业单位、开发公司所属部门资金管理使用的监督检查。

综合行政执法局。根据《云南省人民政府关于丽江泸沽湖国家级风景名胜区保护管理综合行政执法工作方案的批复》（云政复〔2014〕47号）精神，在泸沽湖国家级风景名胜区内开展泸沽湖国家级风景名胜区保护管理综合行政执法工作，相对集中行使景区资源保护、景区环境保护、旅游行业和公共卫生、景区经营和户外广告等管理方面法律、法规、规章规定的全部或者部分行政执法权。（具体行政执法的权限范围详见《云南省人民政府关于丽江泸沽湖国家级风景名胜区保护管理综合行政执法工作方案的批复》）。

综合行政执法局设2个大队：综合执法一大队、综合执法二大队。