1958年10月，中国科学院云南分院向云南省委、中国科学院递交了关于成立昆明动物研究所的报告。

1959年4月，原中华人民共和国国家科学技术委员会批准“在昆虫研究所紫胶虫工作站的基础上建立昆明动物研究所”；5月3日，中国科学院批复云南分院，同意成立“中国科学院昆明动物研究所”。

1962年2月，中国科学院按大区设置分院，将云南、四川、贵州三分院合并建立西南分院于成都，中国科学院昆明动物研究所改所名称为“中国科学院西南动物研究所”。

1966年，中国科学院西南动物研究所因“文化大革命”的浩劫，科研工作被迫停顿。

1970年3月，中国科学院西南分院撤销，研究所下放地方，改名称为“云南省动物研究所”。

1978年，重归中国科学院，恢复原中国科学院昆明动物研究所所名。

1999年，中国科学院知识创新工程实施，中国科学院昆明动物研究所进行了一系列改革调整。

2001年，中国科学院昆明动物研究所进入二期创新。

2005年，中国科学院昆明动物研究所进入创新三期。