截至2024年5月，云南中医药大学有呈贡和白塔两个校区，总占地面积778·78亩，总建筑面积355563·65㎡。

呈贡校区

云南中医药大学呈贡校区位于云南省昆明市呈贡区雨花路1076号。校区占地面积823·8亩，建有综合教学楼、实验楼、行政办公楼、学生宿舍、学生会堂、校医院、风雨球场，以及学生食堂，于2008年9月10日正式启用。正大门的五行广场与翰墨楼内的阴阳太极图处于学院大门中轴线，象征着中医药传统文化及理论核心阴阳五行学说的历史传承；“医鉴楼”屋顶装饰飘板酷似“博士帽檐”。