根据上述职责，州环保局设5个内设机构：

（一）办公室。

协助局领导处理政务工作和机关保障工作，拟定机关工作制度并监督执行。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、政务公开、新闻发布、机关财务等工作。

（二）污染防治处（行政审批办）。

拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治；组织实施排污申报登记、跨（市、县）界河流断面水质考核等环境管理制度；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督。根据国家关于环境保护工作的方针、政策和法律、法规，负责环境保护工作等有关行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、检测、检验、论证、审核等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；负责行政审批事项的行政复议和行政应诉；负责法律、法规、规章规定由环保部门承担的其他行政审批事项。承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价文件审批工作；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件工作。负责全州环境保护国际合作与交流的管理工作；研究提出国际环境合作中有关问题的建议；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外的环境保护事务；负责环境保护国际合作项目的管理与协调。承担污染源普查工作。

（三）规划财务处。

组织编制全州环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；参与全州经济和社会发展综合决策；组织实施政府环保目标责任制；承担机关、直属单位财务、国有资产管理、局内审计工作。负责项目管理工作。组织管理环保专项资金和项目；负责对环保专项资金项目、自然保护区补助资金项目、基础能力建设项目、畜禽养殖污染防治项目、环境监察、监测、宣传、辐射、固废等标准化能力建设项目的组织申报、受理、监管和验收，组织实施国家环保建设规划及其他专项规划项目。拟定主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划建议；考核总量减排情况；承担环境统计工作。承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担环境保护法规和规章的解释工作；承担环境行政处罚工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。

（四）科技监测处。

承担环境保护科技工作；拟订全州环境保护科技发展规划与计划；管理环境保护科研项目和成果；组织环境保护技术、研发、集成示范与推广；指导和推动循环经济、清洁生产与环保产业发展。负责组织制定地方环境监测制度和规范；组织开展和指导环境监测工作；调查评估全州环境质量状况并进行预测预警；承担全州环境监测网和环境信息网的有关工作；组织建设和管理全州环境监测工作。指导污染源在线监控系统和环境监察系统信息化建设与管理工作。

（五）自然生态处。

指导、协调、监督全州生态保护工作；参与编制生态保护规划；提出新建的各类自然保护区申报建议，对自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展地方生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设；参与全州生物安全管理的工作。

机关党委。负责机关和所属事业单位的党群工作。