直属车站4个：乌鲁木齐站、乌鲁木齐南站、霍尔果斯站、阿拉山口站；

车务段6个：乌鲁木齐车务段、哈密车务段、库尔勒车务段、奎屯车务段、阿克苏车务段、喀什车务段；

客运段2个：乌鲁木齐客运段、库尔勒客运段；

机务段3个：乌鲁木齐机务段、库尔勒机务段、哈密机务段；

供电段3个：乌鲁木齐供电段、库尔勒供电段、哈密供电段；

工务段6个：乌鲁木齐工务段、乌鲁木齐北工务段（现并入乌鲁木齐工务段）、哈密工务段、奎屯工务段、库尔勒工务段、阿克苏工务段、喀什工务段；

工务机械段1个：乌鲁木齐工务机械段；

车辆段3个：乌鲁木齐车辆段、乌鲁木齐西车辆段、库尔勒车辆段；

电务段3个：乌鲁木齐电务段、库尔勒电务段、哈密电务段；

通信段1个：乌鲁木齐通信段；

物资供应段1个：乌鲁木齐物资供应段；

房产公寓段3个：乌鲁木齐房产公寓段、哈密房产公寓段、库尔勒房产公寓段；