根据上述职责，州食品药品监督管理局设13个内设机构。

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常运转工作以及社会管理综合治理、计划生育、保密、信访等工作；承担统计、综合信息管理工作；指导本系统信息化建设；推进诚信体系建设。

（二）综合科

承担州食品安全委员会办公室日常工作；组织对州直有关部门和县市区人民政府（管委会）履行食品安全监督管理职责的考核评价工作；拟订食品药品安全重大整治活动、联合检查行动方案并组织实施；承担全州食品药品安全统计工作、分析预测食品安全总体状况，组织开展食品安全风险预警和风险交流；参与制定食品药品安全风险监测计划并开展安全风险监测。

（三）政策法规科

起草食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理方面的自治州单行条例草案；承担规范性文件的合法性审核工作；承担行政执法监督工作；承担行政许可窗口受理，行政执法案件审核；承担行政复议、行政应诉和听证等工作；承担食品、药品、医疗器械和化妆品监督管理重大政策的调查研究工作。

（四）食品生产安全监管科

承担全州生产环节（含制售分离食品加工小作坊，下同）食品安全监督管理工作；监督实施生产加工环节食品安全监督管理办法；组织实施生产加工环节食品的市场准入及日常监管。

（五）食品流通安全监管科

承担全州流通环节食品安全监督管理工作；监督实施流通环节食品安全监督管理办法；组织实施流通环节食品市场准入及日常监管。

（六）餐饮服务食品安全监管科

承担全州消费环节食品安全监督管理工作；监督实施消费环节食品安全监督管理办法；组织实施消费环节食品市场准入及日常监管；指导协调全州重大活动餐饮食品安全保障工作。

（七）保健食品化妆品监管科

贯彻实施保健食品和化妆品监管法律法规，负责保健食品和化妆品有关监督管理；监督实施国家保健食品标准、技术规范和化妆品卫生标准、技术规范；负责保健食品、化妆品安全状况调查和监测工作;负责化妆品市场的监督管理和国产非特殊用途化妆品行政备案。

（八）医疗器械监管科

监督实施医疗器械、卫生材料产品的法定标准和医疗器械产品分类管理目录；负责一类医疗器械生产、产品备案；协助实施医疗器械质量体系考核，监督实施医疗器械生产、经营质量管理规范及协助认证工作；承担医疗器械注册核查工作；承担医疗器械产品监督抽样工作；协助实施医疗器械不良事件监测工作；指导州药品不良反应监测中心医疗器械监测工作。

（九）药品注册生产监管科

监督实施国家药品标准，监督实施药物非临床研究、药物临床试验、中药材生产、药品生产及医疗机构制剂等质量管理规范，实施中药品种保护制度；承担药品生产及医疗机构制剂配制等许可的监督工作；配合实施国家基本药物制度；依法承担医疗用毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品、戒毒药品和药品类易制毒化学品的生产监督管理；指导全州药品、药品包装材料检验机构的业务工作；协助省局负责药品、医疗机构制剂注册及管理工作；负责湘西州医药健康产业发展规划拟定和实施；协助实施药品不良反应监测工作；指导州药品不良反应监测中心药品监测工作。

（十）药品流通监管科

监督实施处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销规则；监督实施药品经营质量管理规范；依法对医疗机构药品使用实施监督；依法监管医疗用毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品、戒毒药品和药品类易制毒化学品的经营；监督实施处方药与非处方药分类管理制度。

（十一）应急管理科（新闻宣传科）

承担食品药品安全科普宣传、新闻和信息发布工作；推动食品药品安全应急体系建设，组织编制全州食品药品安全应急预案并开展演练；承担重大食品药品安全事故应急处置和调查处理工作；指导协调县市食品安全事件应急处置工作。

（十二）财务科

承担国家投资项目的申报及实施中的管理工作；拟订局机关和直属单位财务管理制度并组织实施；编制局机关和直属单位经费预算、决算并监督执行；管理局机关和直属单位财务和资产，承担局机关日常财务核算工作；承担局机关和直属单位行政事业性收费的监督管理；承担局机关和直属单位内部审计工作。

（十三）人事科

负责局机关和直属单位干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作；开展食品药品安全教育培训；负责对外交流与合作工作；负责局机关离退休人员管理、服务工作，指导直属单位离退休人员管理、服务工作。

纪检（监察）机构按有关规定设置。