据2025年5月医院官网数据，医院曾两次获卫生部等部委联合授予的“全国医药卫生系统先进集体”；中央文明委授予的“全国文明单位”及全国总工会“抗震救灾重建家园工人先锋号”称号，连续获得“陕西省三八红旗手（集体）”及“优质护理示范工程先进医院”“陕西省抗疫先进集体”等称号。医院多名医护人员先后获得国际南丁格尔奖、国家五一劳动奖、全国卫生系统先进个人、中国医师奖、全国先进教师、全国抗疫先进个人、中国青年五四奖章、全国及陕西省白求恩精神奖、全国优秀护士、陕西省优秀护士，陕西省优秀共产党员、陕西省抗疫先进个人、陕西省五四青年奖章、三秦最美医务工作者等荣誉。

2017年11月1日，西安交通大学医学院第二附属医院获得“2017年度全国优质服务示范医院”称号。

2021年8月，西安交通大学第二附属医院麻醉手术科被命名为“第20届全国青年文明号“。

2018年12月，被国家卫生健康委员会公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。