根据上述职责，市审计局设6个内设机构：

（一）办公室

负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、信息、宣传、保密、财务、人事、政务公开、提案议案办理等工作；负责审计信息网络管理。

（二）财政金融审计科

组织审计市本级年度财政预算执行和其他财政收支情况；组织审计各县（市、区）人民政府和市直各部门（单位）年度财政预算执行、决算和其他财政收支情况；开展相关专项审计调查。

（三）行政农业审计科

组织审计使用财政资金的事业单位财务收支；组织审计市政府各部门和各县（市、区）政府管理的社会保障、社会捐助、社会优抚（救济）、社会福利、住房保障、农林水利、资源环保等资金（基金）；开展专项审计和审计调查。

（四）经贸投资审计科

组织审计市属国有企业、国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益；组织审计市级投资和以国家、自治区投资为主的建设项目的预算执行情况和决算；开展相关专项审计调查。

（五）经济责任审计局

负责草拟经济责任审计发展规划及年度工作计划；负责市经济责任审计工作联席会议有关工作；受市委组织部委托对市各部门、各单位以及其他依法属于审计机关监督对象的其他单位的主要党政领导干部经济责任履行情况进行审计监督。

（六）法规科

负责拟订审计工作规划，安排年度审计计划及审计项目；审理审计报告和审计决定书，检查审计项目质量；组织监督检查全市审计机关和社会审计组织的审计业务质量；组织实施审计普法教育和宣传。