办公室：协助处领导做好机关日常管理工作，负责会议组织、公文处理、政务信息、文秘、宣传、档案和办公用品管理、信访、保密、处内部规章制度建设及机关后勤管理等工作。

组织人事科：负责处属部门的党建、精神文明建设和人事、劳资管理工作；做好老干部工作；负责干部的培养、考察，以及考核、奖惩；办理专业技术职务的申报、评聘和技术工人培训、考核；组织开展职工思想政治工作。

财供科：协助处领导处理协调单位内外部的各项财务关系；负责资金的使用管理；落实水利固定资产的监督管理和保值增值；做好材料的采购、核算。

工程管理科：负责水利工程的管理、保护，对所管工程的安全运行实施监督管理；拟定防汛岁修的工程计划并组织实施。

水政科：负责水行政执法工作及水资源的管理；归口协调处理水事纠纷；负责安全保卫和消防工作，抓好综合治理，协助公安部门查处重大水事治安和刑事案件；做好民事调解工作。

湖泊管理科：协助水利厅做好里下河腹部地区湖泊湖荡的保护、开发、利用和管理工作。

经营科（基建绿化办）：负责指导全处综合经营工作。负责处区工程项目的管理，已建工程的维护、绿化苗木的养护；负责草坪树木养护、室内植物租摆等工作。

监察室：按照干部管理权限，抓好党员干部的廉洁自律和法纪教育，对违纪问题进行初步调查，并参与研究处理。

工会：协助党委做好职工的思想政治教育工作；发挥工会桥梁纽带作用，不断促进职工工作、生活条件的改善；关心职工生活，会同有关部门做好职工集体福利等工作。