上海中医学院时期

1956年1月，卫生部在《一九五六年到一九五七年全国卫生工作规划要点》中提出，“从五六年开始，建立四所中医学院”。3月，卫生部与教育部共同制定了四所中医学院组建方案和教学计划。5月2日，在上海市第十一人民医院成立了筹建上海中医学院筹备组。5月21日，租赁北苏州路河滨大楼部分建筑，暂作临时校舍；筹备组迁入办公。8月6日，国务院批准在北京、上海、广州、成都分别成立四所中医学院。

1956年9月1日，上海中医学院宣告成立，在河南路国华大楼举行第一届开学典礼，上海市副市长金仲华到会并宣布市人民委员会决定，任命程门雪为首任院长，属市卫生局管理。

1957年7月12日 上海市人民委员会决定学校的行政领导由市高等教育局负责，中医西医师资的配备和中医教学业务的指导，仍由市卫生局负责。

1958年2月5日，卫生部明确上海中医学院交由上海市领导。同年2月起，学院行政领导归属市高教局，教学业务由市卫生局指导。3月，学校正式搬迁至徐汇区零陵路校区。

1960年4月，上海市第十一人民医院与毗邻的第十人民医院合并，划为上海中医学院附属曙光医院。7月，上海中医学院附属龙华医院建成。　

1964年起，为国家卫生部直属领导。1969年10月26日，移交给上海市革委会管理。

1975年9月1日　上海中医学院举办第一期外国医生针灸学习班。

1976年，上海市公费医疗第五门诊部、上海中医学院附属推拿门诊部和南昌路新针针灸门诊部合并，扩建为上海中医学院附属岳阳医院。

1978年，中国恢复研究生教育，学校在全国中医院校中作为第一批招生单位，向全国招收硕士研究生。同年5月，学校转入卫生部的直接领导。

1981年11月26日，经国务院批准，学校成为全国首批博士、硕士学位授权单位。

1982年后，作为地方院校，仍由上海市领导。

1983年，学校被指定为联合国世界卫生组织传统医学合作中心之一；同年，受世界卫生组织委托，学校成立中国上海国际针灸培训中心，是中国最早的3所国际针灸培训中心之一；同年，学校经国家教委审核批准成为全国可接受外国留学生的66所高校之一。

1984年11月26日，经国家科委批准，上海市中医药研究院正式成立，实行与上海中医学院“两块牌子、一套管理机构”的体制。

1986年2月7日，上海中医学院30周年校庆。时任国家主席李先念发来贺信。

1987年，首批开展硕博连读临床医学博士招生。

上海中医药大学时期

1993年12月6日，国家教委批准上海中医学院更名为“上海中医药大学”。

1998年，首批试点招收中医学、中西医结合临床医学专业学位硕士和博士研究生。

1999年，学校首批通过了教育部“本科教学工作优秀学校”的评估，并于2007年再次被评为“优秀”。

2000年，上海医学高等专科学校（1985年在奉贤县卫生学校的基础上建立）并入上海中医药大学。

2001年，上海中医药大学与上海交通大学开展中医学七年制、八年制学生联合培养工作。

2003年7月，学校整体搬迁至浦东新区张江高科技园区。

2006年，在全国率先开展了师承教育与学位教育结合的改革试点工作。

2007年，学校入选教育部、国家外国专家局联合实施的“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）。

2010年，学校开展了上海市住院医师规范化培训与临床医学专业学位教育相结合的改革。同年，中药学博士后科研流动站荣获“全国优秀博士后科研流动站”称号，是唯一获此殊荣的上海市属高校，也是全国唯一的中药学一级学科“优秀”流动站。

2012年，在教育部学科评估中，学校中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二，中西医结合一级学科排名全国第三。

2014年6月，上海中医药大学与嘉定区合作共建“国际中医药城区”。

2015年3月，学校与中国电信上海公司签署战略合作协议。4月，入选卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校。

2016年，学校与虹口区人民政府签订合作共建协议。

2017年9月，学校入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校名单。12月，教育部公布全国第四轮学科评估结果，学校中医学、中西医结合、中药学三个一级学科排名全国第一，均取得a+的优秀成绩，是全国中医院校中唯一取得3个a+的高校。

2018年3月，入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。11月，教育部公示第一批中华优秀传统文化传承基地名单，上海中医药大学入选。同年，上海中医药大学成为教育部与地方政府“部市共建”的第一所中医药院校。

2020年4月，学校与绿地控股集团、上海医药集团签署战略合作协议，共建生物医药产业园。5月，两校联合建设的“华东师范大学-上海中医药大学现代中医药高等研究院”揭牌。6月，学校与温州医科大学签署战略合作框架协议。同年，中国中医科学院与学校签订全面战略合作框架协议，共建“中国中医科学院-上海中医药大学联合学院”，联合开展“高层次中医人才培养试点专项”，开设九年联合培养、本博连读中医学“屠呦呦班”。

2021年，首批加入“沪校苏企联盟”。同年2月，上海中医药大学发起成立上海市安宁疗护发展研究联盟。

2022年2月，上海中医药大学入选第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单；同月，入围第二批特色服务出口基地（中医药）名单。7月，中国中医科学院联合上海中医药大学等相关高校和单位，成立了长三角中医药高等教育联盟。

2023年9月，学校与上海市金山区人民政府签署中医药事业战略合作框架协议。12月，学校与浦东新区人民政府签署战略合作协议。

2024年7月，学校与华为技术有限公司签署战略合作协议。

2025年4月1日，淮南市政府与上海中医药大学签订战略合作协议。