（一）办公室

负责机关日常运转工作，负责文电、会务、机要、档案等工作。承担重要事项的组织和督查工作。

（二）污染源管理科

贯彻落实北京市污染源综合管理方面的地方性法规、规章。负责监督管理本区污染减排目标的落实。负责固体废物、化学品、重金属、噪声等污染防治监督管理。组织实施清洁发展机制等工作。负责本区地表水、地下水生态环境监督管理。承担水污染防治协作、联防联控工作。负责本区土壤污染防治和生态保护的监督管理。

（三）法规科

负责推进本机关依法行政综合工作。负责对本部门制定的规范性文件进行合法性审核和有关备案工作。承担相关行政审批事项的受理、转办、督促、送达以及政策咨询、业务查询和信息发布工作。按权限审批政策、规划和建设项目环境影响评价文件。负责本区辐射安全和光污染防治的监督管理。

（四）督察与监测科

负责本区生态环境保护督察工作的综合协调。负责本区大气、化石能源污染防治的监督管理。承担北京市门头沟区空气重污染应急指挥部办公室的日常工作。负责本区机动车、非道路移动机械等大气移动源污染防治的监督管理。负责贯彻落实本区生态环境监测生态环境科技方面和生态环境监测质量管理制度。

（五）生态科

    组织开展生态状况评估工作。监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。负责自然保护地、生态保护红线相关监管工作。负责本区温室气体排放清单编制及控制温室气体排放目标考核的工作。