苏北人民医院前身是由美国在华基督教浸信会西差会派医师菲利普·赛福瑞·伊文思（dr·philip saffery evans）于清光绪二十六年（1900年）创办的扬州浸会医院。医院在南门星桥西街21号（今扬州南通西路98号医院现址）开设门诊。

1946年7月，江苏省政府在扬州打铜巷3号创立江苏省立扬州医院，后病房和行政办公部门迁入北河下186号。

1948年底，奉省政府调令撤至宜兴和桥镇。

1949年7月，江苏省立扬州医院从宜兴和桥镇迁至泰州，正式成立苏北人民医院。

1950年1月，苏北人民医院随苏北行政公署移驻扬州原江苏省立扬州医院旧址。

1953年3月，苏北人民行政公署接管扬州浸会医院后，在扬州浸会医院旧址上接受苏北人民医院迁入合并，院名仍为苏北人民医院。

1958年，针灸科朱复林主任应邀到北京为国务院副总理邓子恢等中央领导同志诊治保健，邓副总理亲笔为医院新门诊楼题名“苏北人民医院门诊部”，现在“苏北人民医院”的院名一直沿用邓副总理的题字。

1972年1月，苏北人民医院改名为扬州地区人民医院。

1980年2月，扬州地区行政公署批准，医院为扬州医学专科学校附属医院。

1983年6月，扬州市人民政府通知，医院改名为“扬州市苏北人民医院”。

1991年6月25日，“扬州医学院附属苏北人民医院”更名为“扬州医学院附属医院”。

1994年12月，扬州市苏北人民医院被江苏省卫生厅确认为三级甲等医院。

1997年4月，经扬州市人民政府批准，将扬州市苏北人民医院更名为“江苏省苏北人民医院”。

2000年12月，医院举行“建院100周年庆典”和新世纪工程奠基仪式。

2019年，医院互联网医院正式挂牌成立。