根据交通运输部《关于中华人民共和国海南海事局主要职责机构设置和人员编制规定的通知》（交人劳发[2013]246号）和部海事局《关于海南海事局有关机构主要职责机构设置和人员编制规定的通知》（海人教[2013]296号）要求，中华人民共和国三沙海事局为海南海事局分支机构，正处级。

（一）内设机构

三沙海事局设置5个内设机构，均为正科级，具体为：办公室、财务会计处、指挥中心、综合业务处、执法督察处。

（二）处室办事机构

三沙海事局设置海巡执法支队、政务中心2个处室办事机构，均为正科级。

（三）派出机构

永暑海事处、渚碧海事处、美济海事处3个派出机构，均为正处级。