1998年，南京师范大学中北学院经原江苏省教委批准成立，为民办二级学院。

1999年，南京师范大学中北学院开始招生。

2005年，学校经国家教育部批准确认为独立学院。

2008年3月，学校取得民办非企业单位法人资格。

2009年12月，学校取得民办学校办学许可证。

2012年9月，学校经江苏省事业单位登记管理局批准登记为事业单位法人。

2015年10月，学校迁址丹阳办学项目正式开工。

2017年9月，学校丹阳校区正式启用。

2020年9月，学校整体迁址丹阳办学。

2021年6月6日，南京师范大学在官方微博中正式就“南京师范大学中北学院”转设事项进行说明。以南京师范大学中北学院名义招收的学生，学生身份和学籍档案保持不变，学生在学信网上的学籍信息保持不变。校友关系隶属南京师范大学；6月7日，江苏省教育厅发布公告：经研究决定，江苏省暂停独立学院与高职院校合并转设工作。

2024年3月，学校获得第六届全国民办高校党的建设和思想政治工作优秀成果评选一等奖；6月12日，南京师范大学中北学院相伯融媒产业学院成立；7月，学校入选中国高校外语慕课联盟与虚拟仿真实验教学创新联盟。

2024年10月16日，南京师范大学中北学院“生命健康产业学院”成立。