西校区

该校区位于呼和浩特市赛罕区昭乌达路306号。设置有动物科学学院、机电工程学院、水利与土木建筑工程学院、材料科学与艺术设计学院（非设计学类专业）、食品科学与工程学院、理学院、能源与交通工程学院。

东校区

2009年，内蒙古农业大学东校区新规划面积1217亩，规划建设校舍面积30多万平方米。位于呼和浩特学苑东街275号，共设有农学院、林学院、水利与土木建筑工程学院、材料科学与艺术设计学院、人文社会科学学院、外国语言学院6个学院，16个专业。

南校区

该校区位于呼和浩特市赛罕区鄂尔多斯东街29号。设有兽医学院、草原与资源环境学院、沙漠治理学院、经济管理学院、计算机与信息工程学院、生命科学学院和国际教育学院。