宁波市保国寺古建筑博物馆是依托第一批全国重点文物保护单位——保国寺古建筑群建立的，前身是保国寺文物保管所。

1972年，成立革命领导小组，由宁波市园林管理处接管四周山林，文物部门管理文物建筑。

1976年5月18日，浙江省革命委员会发文成立专职机构—“全国重点文物保护单位保国寺文物保管所”。编制3名。人员由宁波市图书文物馆（后为宁波市文物管理委员会）指派。

1978年，宁波市宁波市保国寺古建筑博物馆对外开放。

1988年，宁波市保国寺古建筑博物馆经宁波市人民政府办公厅协调，保国寺文物保管所与保国寺园林养护小组合并，实行统一归属文化部门管理，统称保国寺文物保管所。