十九世纪末，随着沙俄侵略势力在中国西部疆域的迅速扩张，大量俄国侨民涌入伊犁。俄罗斯人斯迪凡·堪德诺尔特凭借一挂马车将高加索蜜蜂（后驯变为伊犁黑蜂）传入伊犁河谷，从此那拉提开始了大规模养蜂。经过长时间的养殖，蜂农们掌握了黑蜂的养殖技术，黑蜂也适应了那拉提的气候条件，那拉提的蜂农们都把其它蜂种改养成了黑蜂蜂种。

据《新源县志》记载，在民国元年（1912年）左右那拉提已经有哈萨克族开始了养蜂，随着汉族人的大量迁入，汉族人从内地带来了养蜂技术，使那拉提的蜜蜂养殖逐渐扩大，在当时，蜂农们养殖的是当地的土蜂。

2006年，新疆黑蜂被农业部列入国家畜禽遣传资源保护名录。