（一）办公室。负责机关行政和党务日常运转工作，承担档案、信息、安全、保密、政务公开等工作。承担预算、核算、固定资产管理和财务工作。承担机关及所属单位的组织人事、党风廉政建设、宣传、统战、机构编制、工资福利等工作。指导生态环境行业人才队伍建设工作，承担生态环境行政体制改革有关工作。牵头信息化建设和管理工作。组织生态环境宣传教育工作。

（二）综合规划科。组织起草生态环境政策、规划，协调和审核生态环境专项规划，落实长江三角洲区域污染联防联控协作相关工作。承担生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作，拟订生态环境保护年度目标和考核计划。承担生态环境科技工作。承担本区接受上级生态环境保护督察以及督察后整改的相关组织协调工作。

（三）执法监测科。组织指导生态环境综合执法检查活动和生态环境问题查处工作。承担法制审核、行政复议诉讼等工作。组织拟订突发生态环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导协调生态环境应急工作。承担信访与“两会”办理工作。组织开展生态环境监测工作。组织生态环境统计、污染源普查工作，承担污染源排放总量控制综合协调和管理工作。

（四）水与生态科。负责地表水的监督管理，编制和监督实施水功能区划，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，负责并监督指导排污口设置管理。组织起草生态保护规划，指导生态示范创建，组织开展生物多样性保护、生物安全管理工作，承担生态保护红线及自然保护地相关监督工作。监督指导农业面源污染治理工作，组织指导农村生态环境保护。

（五）大气环境科。负责大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，组织拟订重污染天气应对政策措施，组织协调大气污染防治工作，承担应对气候变化与碳减排工作。

（六）土壤与固废科。负责土壤、地下水、固体废物、化学品、重金属污染防治的监督管理。承担土壤污染防治综合性工作，监督防治地下水污染。负责辐射安全工作协调机制有关工作。承担核与辐射事故应急处理工作，负责放射源和射线装置安全以及核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治监督管理。

（七）环评许可科。承担环境影响评价管理工作，承担排污许可综合协调和管理工作，拟订生态环境准入清单并组织实施。指导协调园区生态环境管理工作。牵头审改工作，承担行政审批工作。