马鞍山市博物馆被授予“青年志愿者服务基地”、“马鞍山中学生教育实践基地”、“马鞍山师专实践教学基地”、“皖江晚报萌芽小记者站”、“服务发展十佳窗口单位”、“省级青年文明号”等数十项荣誉称号。

2010年6月，马鞍山市博物馆《江东第一城——马鞍山历史文化展》荣获“首届（2008-2009年度）安徽省博物馆六大陈列展览精品评选精品奖”。

2012年12月，马鞍山市博物馆被命名为第四届安徽省爱国主义教育基地。

2013年3月，马鞍山市博物馆开放部喜获安徽省“巾帼文明岗”荣誉称号。

2017年3月，马鞍山市博物馆安保设备部荣获马鞍山市“安全监管先进集体”。

2017年5月，马鞍山市博物馆成为安徽省首家跨进“中博文创专委会”的地市级综合博物馆。

2018年4月27日，马鞍山市博物馆策划展览部喜获马鞍山市“工人先锋号”。

2018年5月25至28日，马鞍山市博物馆加入南京都市圈公共博物馆合作联盟。

2018年9月，马鞍山市博物馆被评为国家二级博物馆。

2019年7月，马鞍山市博物馆被马鞍山市人民政府授予2018年度“安全监管先进集体”荣誉称号。

2019年7月，马鞍山市博物馆党支部被评为马鞍山市文旅局“优秀基层党组织”。

2022年4月，马鞍山市博物馆入选“第五批安徽省社会科学知识普及基地名单”。