根据上述职责，市环境保护局设6个内设机构：

（一）办公室。

负责机关、直属单位的人事、劳动工资和机构编制管理工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、机关财务等工作；承担直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。

（二）综合计划科。

组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；组织实施政府环保目标责任制；负责管理环保专项资金和项目。

（三）污染控制科（行政审批办公室）。

负责全市环境污染防治的监督管理。研究拟订水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理细则并组织实施；建设项目环境保护设施验收；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督；监督全市排污申报登记；负责环境污染事故应急处置工作。

根据国家和省关于环境保护工作的方针、政策和法律、法规，负责环境保护工作等有关行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、检测、检验、论证、审核等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；负责行政审批事项的行政复议和行政应诉；负责法律、法规、规章规定由环保部门承担的其他行政审批事项。

（四）污染物排放总量控制科。

承担省政府下达的总量减排任务；拟订全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划建议；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作。

（五）环境影响评价科。

承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；拟订和组织实施“三同时”等各项环境管理制度和规章； 对经济和技术政策、发展规划、经济开发计划进行环境影响评价； 对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的项目单位，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件工作；管理环境监测和环境监测网。

（六）辐射安全管理科。

承担辐射安全、放射性废物管理工作；承担辐射环境事故应急工作；对放射源安全和电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；负责辐射源的生产、进出口、销售、使用、运输、贮存和废弃处置安全的统一管理。