5·截至2025年4月，该局内设办公室、环境综合管理科、宣教法规科、水生态环境科、大气环境科等部门。

办公室：负责机关日常运转和综合协调。

环境综合管理科：承担环境影响评价、排污许可等管理工作。

宣教法规科：开展生态环境法规宣传和教育培训。

水生态环境科：监督管理地表水、地下水污染防治。

大气环境科：负责大气、噪声、光等污染防治监管。