1978年春天，高淳县委、县政府决定创办高淳县第二中学。

1979年秋季开学时，因县二中尚在筹建中，暂借县中分部——原五七小学开学。设初中8个班，400多名学生。

1980年，高淳二中迁至新校区，增招首批高一学生76名。当时的学校没有道路、没有围墙、没有操场，环境差，设备缺，生源少。学校努力实施“三步发展规划”，经过整治，野马山翠竹摇曳，后塘冲荷花飘香，成为县内第一所融净化、绿化、香化、美化为一体的花园式校园。

1982年始，学校先后增设职业高中班、高中毕业生补习班、夜高中。

1988年，高淳二中成为高淳县内规模最大的一所学校。1988年以后，高淳二中先后停办了夜高中、补习班、职业高中，转为一所全日制完全中学。

1990年，高淳二中被中央教科所确定为实验学校，1997年被南京市教委确认为南京市重点中学。

2005年，高淳县政府投资6000多万元，在高淳新区兴建了一所现代化学校，作为二中原高中部的新校址。

2006年秋，高淳县湖滨高级中学开始正式招生。

2009年8月，漆桥中学原高中部与湖滨高级中学合并，组建新的高淳县湖滨高级中学。

2013年3月，高淳县湖滨高级中学更名为南京市高淳区湖滨高级中学。