根据上述职责，福州市仓山区司法局设5个内设机构。

（一）办公室（律师公证管理科）

负责协调局机关和直属单位日常事务，督促重大事项的落实；拟订并督促实施全区司法行政工作发展战略和中长期规划、年度计划；负责综合性文件报告的起草审核；承担局机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、统计、信访、政务公开、新闻发布、文印及文书档案管理工作；指导全区司法行政通信信息技术网络建设；管理局机关的财务；负责局机关车辆管理及调度、安全保卫、资产管理、基本建设、接待等行政事务；负责承接对台工作的相关法律事宜；负责审核全区律师事务所的设立，指导、监督律师机构和律师的业务活动；接受并处理对律师违反纪律、违反职业道德的控告，指导、监督政府和企事业单位的法律顾问工作；管理区公证处和执业人员，指导、监督公证业务活动，负责审理公证疑难案件；负责公民诉讼代理登记工作；综合协调社会法律服务市场管理工作。

（二）政治处（副科级）

负责局机关及直属单位的机构编制、人事管理工作；负责全区司法行政系统干部教育培训工作；指导全区司法行政系统队伍和思想作风、工作作风建设；组织司法行政系统精神文明建设活动；负责局机关、直属单位离退休干部工作；负责局机关和直属单位党群工作。

（三）法制宣传教育科（区依法治区领导小组办公室、区法制宣传领导小组办公室）

负责全区法制宣传教育和普及法律常识工作，制订并组织实施全区法制宣传和普及法律常识规划，承担区依法治区领导小组办公室和区法制宣传领导小组办公室的日常工作；指导镇（街）、区直各部门、各行业依法治理和普法宣传工作；负责全区司法行政法制建设和局机关行政复议与应诉工作。

（四）基层工作科

指导、监督基层司法所建设、人民调解和基层法律服务工作；参与社会治安综合治理；牵头协调全区医患纠纷调解工作。

（五）社区矫正科

指导、管理全区社区矫正执行工作；承办区社区矫正工作领导小组办公室日常事务；协调公安机关、审判机关、检察机关实施社区服刑人员奖惩措施；参与社区服刑人员突发事件应急处置；指导、监督全区刑满释放和期满解教人员的安置帮教工作。