2010年6月22日，北京林业大学标本馆建设领导小组和筹建办公室成立，开始整合林学院、生物学院、水保学院、材料学院等各单位标本。

2011年10月19日，北京林业大学标本馆一期工程竣工，开馆试运行。仅开放一层（哺乳动物、鸟类）、二层展厅（昆虫、植物）。

2012年4月，北京林业大学标本馆网站建成上线。

2012年5月，北京林业大学标本馆加入全国高校博物馆育人联盟。

2012年10月，北京林业大学标本馆鸟类展厅及植物、菌物、土壤、岩石、木材、种子展室等基本陈列完成布展并正式开馆。

2013年10月，北京林业大学标本馆综合展厅基本陈列完成布展。

2014年10月，北京林业大学标本馆更名北京林业大学博物馆。

2016年12月，北京林业大学博物馆虚拟博物馆一期建成上线运行。

2017年8月15日，北京林业大学博物馆成为中国博物馆协会团体会员。

2020年12月2日，北京林业大学博物馆虚拟漫游上线。