北京联合大学化学工程学院创建于1978年12月。校名为北京化工学院第一分院，校址位于什刹海湖畔。当年招收575名学生。

1983年底，市委、市政府对大学分校进行调整，学院更名为北京化工学院分院。

1985年5月，学院加入北京联合大学，更名为北京联合大学化学工程学院。

1992年4月27日，学院新址在朝阳区垡头小区奠基。

2002年6月15日，学院更名为北京联合大学生物化学工程学院，北京市委副书记龙新民、市教委主任耿学超、市教工委副书记夏强等有关领导到会祝贺。

2008年11月24日，北京市化工学校整体并入学院，办学空间进一步扩大。

2018年北京联合大学生物化学工程学院官网显示学院将改名为北京联合大学健康与环境学院。