1950年，皖北高级农林学校创建。

1952年，紫连山林校并入皖北高级农林学校。

1952年，学校更名为凤阳农业学校。

1960年，凤阳农业学校升格为凤阳农业专科学校。

1960年，安徽农业专科学校（1958年创建）、芜湖农业专科学校、屯溪茶叶专科学校、宿县农业专科学校等3校的农学专业并入凤阳农业专科学校。

1965年，安徽农学院（牧医系、院直机关）、凤阳农业专科学校合并组建安徽农学院（凤阳分院）。

1981年，安徽农学院（淮北分院）并入安徽农学院（凤阳分院）更名安徽农学院（皖北分院）。

1981年，安徽农学院（皖北分院）升格为皖北农学院。

1985年，皖北农学院改建安徽农业技术师范学院。

1993年，学校批准为学士学位授予单位。

2000年，安徽农业技术师范学院更名为安徽技术师范学院。

2005年，安徽技术师范学院正式更名为安徽科技学院。

2009年，获批为安徽省示范应用型本科高校立项建设单位。

2010年，被列为硕士学位立项建设单位。

2011年10月，获批为教育部卓越工程师教育培养计划高校。同年，学校获批成为服务国家特需项目农业硕士招生资格点。

2012年，被教育部授予“全国毕业生就业50所典型经验高校”称号，获“全国高等学校创业教育研究与实践先进单位”称号。同年，开展研究生教育。

2013年，作为教育部遴选的全国首批本科教学审核评估试点单位接受了审核评估工作，受到评估专家的高度评价。1月，入选国家级大学生创新创业训练计划。10月，获首届中国草业科技奖。同年，获批首批安徽省高等教育振兴计划建设项目。

2014年，安徽科技学院获批为首批全国卓越农林人才教育培养计划项目试点高校。同年，安徽科技学院成为应用技术大学（学院）联盟成员高校。

2017年，学校以优异成绩获批安徽省地方应用型高水平大学建设高校，并顺利通过服务国家特殊需求硕士专业学位人才培养项目验收。

2018年3月，入选教育部首批新工科研究与实践项目。7月，被教育部评为全国创新创业典型经验高校。入选安徽省第二批“三全育人”综合改革试点高校。同年，开展留学生专业硕士教育。

2020年11月6日，牵头成立的“全国农科研究生志愿服务联盟”成立。10月21日，召开学位评定委员会会议，对安徽科技学院2020年新增硕士学位授予单位及学位授权点申请材料进行了审议。经投票表决，一致同意安徽科技学院申请2020年新增硕士学位授予单位，并一致同意农业硕士、兽医硕士和机械硕士申请2020年新增硕士专业学位授权点。

2021年，成为硕士学位授予单位；1月，获批新农科研究与改革实践项目。

2022年，安徽科技学院牵头的“安徽省农业废弃物肥料化利用与耕地质量提升工程研究中心”正式批准组建。同年，安徽科技学院团委被授予2021年度安徽省五四红旗团（工）委称号。

2023年1月3日，安徽科技学院滁州校区（未来技术学院）开工奠基。2月，安徽省教育厅印发文件，经安徽省人民政府同意、教育部备案，安徽科技学院更名大学列入安徽省“十四五”高等学校设置规划。4月27日，“全国职业技术师范院校联盟”成立，联盟推举安徽科技学院为联盟副理事长单位。11月，安徽科技学院获“2023年度高校高质量就业最佳创新与实践高校”荣誉称号。12月，经安徽省教育厅和安徽省农业农村厅批复，安徽肉牛现代产业学院在安徽科技学院设立。

2024年3月，蚌埠市教育局2024年年度重点工作任务包括全力支持安徽科技学院更名大学。3月19日，学校数字乡村建设与治理安徽省哲学社会科学重点实验室学术委员会在龙湖校区成立。2024年11月4日，经安徽省高等学校设置评议委员会专家考察和评议，同意将安徽科技学院更名安徽科技工程大学报请省政府向教育部申报。

2025年2月25日，安徽科技学院滁州校区交付启用。