民国三十五年（1946年），《陪都十年建设计划草案》提出建设高速电车；拟建三条高速电车线，甲线为龙门浩—两路口—磁器口，乙线为龙门浩—二塘—南温泉，丙线为龙门浩—石坎—大田坎；建设标准采用每米重47·77公斤的钢轨，轨距为1米，最大坡度9%，弯度最小半径80米；主城区车速25千米/小时，郊区45千米/小时；车辆长8米，宽1·8米，双电机，每台分别为35马力；车辆带拖车，每列乘240人；初定10分钟发一班，三线每天总运量约10万人次，部分线路在地下。

1958年，重庆市市中区地下铁道工程队成立，拟对原有防空洞进行拓宽、加固，并新挖从十八梯到临江门的地下隧道，工程在进行了一年多后停滞。

1960年，《重庆市城市初步规划（1960-1980年）》提出建设“直通与环状”线网布局的“地下快速铁道线网”，以市中区为核心，将新牌坊、小龙坎、杨家坪、石桥铺、两路口等地区串联起来，总长约100千米。

1965年，重庆市市中区地下铁道工程处再次成立，工程处共分4个工程队，共有1000余人。

1966年下半年，工程再一次瘫痪，但工程基本完成了市中区的地下隧道网：千厮门、望龙门、中华路、十八梯、兴隆街、枣子岚桠、燕喜洞部分贯通。

1971年，重庆市市中区地下铁道工程处被迫停工解散，修建的隧道移交人防部门。

1983年，《重庆市城市总体规划（1982-2000年）》提出建设地下铁道，由朝天门至杨家坪，沿途经过较场口、菜园坝、两路口、鹅岭、大坪、谢家湾，全长约12·2千米；该规划亦提出，菜园坝火车站（重庆站）改建后，由梨树湾经沙坪坝至菜园坝的铁路联络线开行城市列车，发挥轨道交通功能。

1988年，重庆市引入外地商人组建地铁集团投资修建地铁，公司设两路口，并曾开工建设，主要仍是在原人防工事基础上扩展施工。

1991年，《重庆市综合交通规划（1990-2005年）》提出建设“南坪—新牌坊、朝天门—双碑、朝天门—九宫庙”3条干线轻轨，以及“杨家坪—石桥铺”轨道连接线的规划方案，线网总长约55千米。

1998年，《重庆市城市总体规划（1996-2020年）》在1991年综合交通规划基础上，保留了朝沙线，调整了朝新线半岛地区走向，将新牌坊—南坪线北向延伸至重庆江北国际机场，将杨家坪一石桥铺线东向延伸至四公里，增加五号线（童家院子—冉家坝—高家花园大桥—杨公桥—上桥—中梁山），轨道线路总长约119千米，线网密度约0·36千米/平方米。

2000年6月，重庆轨道交通较新线（今重庆轨道交通2号线一期）工程试验段开工建设。12月26日，重庆轨道交通较新线工程正式开工建设。

2003年《重庆市主城区综合交通规划（2002-2020年）》和2007年《重庆市城市总体规划（2005-2020年）》提出，主城区轨道交通线网格局扩展为“九线一环”；该线网骨架承袭了1998年总体规划轨道线网结构，总长约522千米，线网密度约0·66千米/平方千米。

2003年11月，重庆轨道交通2号线二期工程开工建设。

2004年11月6日起，重庆轨道交通2号线一期大坪站至动物园站段于每周六上午及周日上午开放观光运行。12月11日起，重庆轨道交通2号线一期全线于每周末开放观光运行。12月28日，重庆轨道交通2号线一期开始试运行。

2005年6月18日，重庆轨道交通2号线一期（较场口站至动物园站）开通试运营。

2006年6月，中华人民共和国国务院批复《重庆市城市快速轨道交通建设规划（2006~2014年）》，包含重庆轨道交通1号线一、二期、重庆轨道交通3号线一期、重庆轨道交通6号线一期。7月1日，重庆轨道交通2号线二期（动物园站至新山村站）开通试运营。

2007年4月6日，重庆轨道交通3号线一期工程正式开工建设。6月18日，重庆轨道交通1号线一期工程开工建设。

2008年7月31日，重庆轨道交通2号线南延伸段工程开工建设。11月，重庆轨道交通1号线二期工程开工建设。

2009年6月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市快速轨道交通建设规划（2006~2014年）调整方案》，包含重庆轨道交通2号线延伸线（重庆轨道交通2号线南延伸段）、重庆轨道交通3号线延伸线（重庆轨道交通3号线南延伸段及重庆轨道交通3号线北延伸段）、重庆轨道交通6号线延伸线（即重庆轨道交通6号线二期）。12月25日，重庆轨道交通6号线一期工程开工建设。

2010年5月，重庆轨道交通6号线二期工程开工建设。7月，重庆轨道交通6号线支线（今重庆轨道交通国博线）一期工程开工建设。

2011年7月28日，重庆轨道交通1号线一期小什字站至沙坪坝站段（除小什字站、高庙村站、马家岩站）开通试运营。9月27日，重庆轨道交通1号线小什字站开通。9月29日，重庆轨道交通3号线两路口站至鸳鸯站段（除红旗河沟站、郑家院子站、龙头寺站、童家院子站）开通试运营。10月17日，重庆轨道交通1号线高庙村站开通。11月8日，重庆轨道交通3号线鸳鸯站至长福路站段开通试运营。12月30日，重庆轨道交通3号线童家院子站开通，重庆轨道交通3号线两路口站至二塘站段（除铜元局站、工贸站）及长福路站至江北机场站段开通试运营。

2012年3月1日，重庆轨道交通1号线与重庆轨道交通2号线的换乘站较场口站开通站内换乘，重庆轨道交通3号线红旗河沟站开通。5月1日，重庆轨道交通3号线郑家院子站开通。9月20日，重庆轨道交通1号线延伸段工程开工建设。9月28日，重庆轨道交通6号线一期五里店站至康庄站段（除冉家坝站）开通试运营。12月20日，重庆轨道交通1号线二期（沙坪坝站至大学城站，除石井坡站、微电园站）开通试运营。12月24日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市轨道交通第二轮建设规划（2012~2020年）》，包含重庆轨道交通环线、重庆轨道交通4号线一期、重庆轨道交通5号线一期、重庆轨道交通6号线支线一、二期（今重庆轨道交通国博线一、二期）、重庆轨道交通9号线一、二期、重庆轨道交通10号线。12月26日，重庆轨道交通6号线一期康庄站至礼嘉站段（除九曲河站）开通试运营。12月28日，重庆轨道交通3号线工贸站、铜元局站开通，重庆轨道交通3号线南延伸段（二塘站至鱼洞站，除岔路口站、花溪站、金竹站）开通试运营。

2013年1月20日，重庆轨道交通6号线冉家坝站开通。1月31日，重庆轨道交通3号线岔路口站、花溪站、金竹站开通。2月5日，重庆轨道交通3号线龙头寺站开通。3月28日，重庆轨道交通1号线微电园站开通。5月15日，重庆轨道交通国博线一期（礼嘉站至悦来站，除平场站、黄茅坪站、高义口站）开通试运营。9月25日，重庆轨道交通1号线马家岩站开通。10月28日，重庆轨道交通环线工程开工建设。12月3日，重庆轨道交通4号线一期工程、5号线一期工程开工建设。12月31日，重庆轨道交通6号线二期北段（礼嘉站至北碚站，除曹家湾站、向家岗站、天生站）开通试运营，标志着重庆轨道交通覆盖重庆市主城全部九区。

2014年6月17日，重庆轨道交通1号线尖璧段工程开工建设。9月28日，重庆轨道交通1号线石井坡站、重庆轨道交通6号线九曲河站、重庆轨道交通6号线天生站开通。11月26日，重庆轨道交通6号线向家岗站开通。12月30日，重庆轨道交通1号线延伸段（大学城站至尖顶坡站）、重庆轨道交通2号线南延伸段（新山村站至鱼洞站）、重庆轨道交通6号线五里店站至茶园站段（除江北城站）开通试运营。

2015年2月28日，重庆轨道交通国博线平场站、黄茅坪站开通。6月10日，重庆轨道交通延长线跳磴至江津段（今重庆市郊铁路江跳线）一期工程开工建设。10月26日，重庆轨道交通6号线曹家湾站、重庆轨道交通国博线高义口站开通，重庆轨道交通国博线独立运营。

2016年1月28日，重庆轨道交通6号线江北城站开通。4月，重庆轨道交通3号线重庆北站更名为重庆北站南广场站。9月28日，重庆轨道交通9号线一期工程开工建设。10月28日，重庆轨道交通国博线二期工程、10号线二期工程开工建设。12月28日，重庆轨道交通3号线北延伸段（即重庆轨道交通空港线，碧津站至举人坝站）开通试运营。

2017年12月3日，重庆轨道交通国博线平场站更名为欢乐谷站。12月28日，重庆轨道交通3号线江北机场站更名为江北机场t2航站楼站，重庆轨道交通5号线一期北段园博中心站至大龙山站段、重庆轨道交通10号线一期（鲤鱼池站至王家庄站，除重庆北站南广场站）开通试运营。

2018年12月6日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市轨道交通第三期建设规划（2018~2023年）》，包含重庆轨道交通4号线二期、重庆轨道交通5号线北延伸段、重庆轨道交通5a线（今重庆轨道交通18号线一期）。12月24日，重庆轨道交通5号线一期北段大龙山站至大石坝站段开通试运营。12月28日，重庆轨道交通10号线重庆北站南广场站开通，重庆轨道交通环线东北半环（重庆图书馆站至海峡路站，除天星桥站、南桥寺站、民安大道站、弹子石站、仁济站、上浩站、罗家坝站）、重庆轨道交通4号线一期（民安大道站至唐家沱站，除民安大道站、港城站）开通试运营。

2019年1月11日，重庆轨道交通环线民安大道站、重庆轨道交通4号线民安大道站开通。1月25日，重庆轨道交通4号线二期工程、重庆轨道交通5号线北延伸段工程、重庆轨道交通5a线工程开工建设。4月10日，重庆轨道交通9号线二期工程开工建设。7月1日，重庆轨道交通环线弹子石站、罗家坝站开通。11月29日，重庆市域快线璧山至铜梁线开工建设。12月1日，重庆轨道交通环线沙正街站更名为重庆大学站，重庆轨道交通3号线二塘站更名为重庆交通大学站，重庆轨道交通3号线五公里站更名为重庆工商大学站，重庆轨道交通6号线天生站更名为西南大学站。12月15日，重庆轨道交通环线南桥寺站开通。12月30日，重庆轨道交通环线西南半环（海峡路站至二郎站）、重庆轨道交通1号线尖璧段（尖顶坡站至璧山站）开通试运营。

2020年9月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《重庆市城市轨道交通第四期建设规划（2020~2025年）》，包含重庆轨道交通4号线西延伸段、重庆轨道交通6号线东延伸段、重庆轨道交通7号线一期、重庆轨道交通15号线、重庆轨道交通17号线一期、重庆轨道交通18号线北延伸段、重庆轨道交通24号线一期、重庆轨道交通27号线。9月18日，重庆轨道交通环线和重庆轨道交通4号线互联互通直快列车上线，重庆轨道交通10号线开通快速列车。12月31日，重庆轨道交通1号线一期朝小段（小什字站至朝天门站）、重庆轨道交通国博线二期（悦来站至沙河坝站）开通试运营。

2021年1月20日，重庆轨道交通环线剩余段（二郎站经重庆西站至重庆图书馆站）、重庆轨道交通5号线一期南段（石桥铺站至跳磴站）开通试运营。2月4日，重庆轨道交通环线天星桥站、仁济站开通。3月2日，重庆轨道交通4号线西延伸段工程、重庆轨道交通15号线一期工程、重庆轨道交通18号线北延伸段工程、重庆轨道交通24号线一期工程开工建设。10月，重庆轨道交通15号线二期工程开工建设。11月，重庆轨道交通27号线工程开工建设。12月28日，重庆轨道交通环线、重庆轨道交通4号线、重庆轨道交通5号线三线互联互通直快列车上线。

2022年1月25日，重庆轨道交通9号线一期高滩岩站至兴科大道站段（除邮轮母港站、宝圣湖站）开通试运营。3月，重庆轨道交通6号线东延伸段工程开工建设。6月18日，重庆轨道交通4号线二期（唐家沱站至黄岭站）开通试运营。7月28日，重庆轨道交通9号线宝圣湖站开通。8月6日，重庆市郊铁路江跳线一期（跳磴站至圣泉寺站）开通试运营。9月30日，重庆轨道交通环线、重庆轨道交通1号线与重庆轨道交通9号线的换乘站沙坪坝站开通站内换乘。12月28日，重庆市郊铁路江跳线过江段工程开工建设。

2023年1月18日，重庆轨道交通9号线二期（兴科大道站至花石沟站）、重庆轨道交通10号线二期鲤鱼池站至后堡站段开通试运营。2月27日，重庆轨道交通5号线北延伸段（园博中心站至悦港北路站，除玉河沟站）开通试运营。3月29日，重庆市域铁路永川线工程开工建设。6月17日，重庆轨道交通环线与重庆轨道交通2号线的换乘站谢家湾站开通站内换乘。10月7日，重庆轨道交通环线上浩站、重庆轨道交通4号线港城站开通。同月，重庆轨道交通7号线一期工程、重庆轨道交通17号线一期工程开工建设。11月30日，重庆轨道交通5号线一期中段（大石坝站至石桥铺站）、重庆轨道交通10号线二期后堡站至兰花路站段（除南坪站）开通初期运营，标志着重庆轨道交通5号线贯通运营。同日起，重庆市郊铁路江跳线与重庆轨道交通5号线开行2列贯通列车，贯通列车运营区间为圣泉寺站至石桥铺站。12月28日，重庆轨道交通18号线一期（富华路站至跳磴南站，除歇台子站）开通试运营。

2024年12月26日至2025年1月1日，重庆市郊铁路璧铜线进行免费试乘（除青龙湖站）。

2025年1月2日，重庆市郊铁路璧铜线（璧山站至铜梁西站，除青龙湖站）开通初期运营。6月26日，重庆轨道交通18号线歇台子站开通运营。6月27日，重庆轨道交通6号线东站段（重庆东站至刘家坪站）开通初期运营。7月15日，重庆轨道交通5号线玉河沟站开通运营。