重庆大学医学院从1945年开始筹备，1946年华西协合大学应邀派一批华西教授支援创建，并于1946秋开始招生。

1952年，全国高等学校院系调整，重庆大学医学院并入华西协和大学。重庆大学附属沙磁医院独立为重庆市肿瘤医院。

2003年，重庆大学成立医学建设筹备小组，拟恢复医学学科。

2017年10月24日，重庆大学与沙坪坝区人民政府、重庆市肿瘤医院、重庆市急救中心（重庆市第四人民医院）签署战略合作协议，共建重庆大学附属医院；其中，与沙坪坝区共建一所三甲教学型综合医院，并以此为基础共建重庆大学“直管”附属医院，与重庆市肿瘤医院、重庆市急救中心共建“非直管”附属医院、共建重庆大学医学高等研究院。市政府、市卫计委、重庆大学及共建医院的领导共同为重庆大学附属肿瘤医院、重庆大学附属中心医院揭牌。

2018年6月，重庆大学正式成立重庆大学医学高等研究院（重庆大学医学院），实行独立建制运行。10月，重庆大学与两江新区签订医疗战略合作协议，共同创办集医、教、研为一体的高端化、智能化、国际化三级甲等综合医院——重庆大学附属两江医院（重庆两江国际医院）。

2019年3月，重庆市肿瘤医院划转为重庆大学直属附属医院，正式命名重庆大学附属肿瘤医院。5月，经国务院学位委员会批准，重庆大学增列“基础医学”、“临床医学”一级学科硕士学位授权点。6月，重庆大学成立医学部。12月，重庆三峡中心医院划转为重庆大学直属附属医院——重庆大学附属三峡医院。

2021年6月18日，重庆涪陵中心医院划转为重庆大学直属附属医院，更名为“重庆大学附属涪陵医院”。12月1日，重庆市江津区中心医院成为重庆大学第四所直属附属医院——重庆大学附属江津医院。12月24日，重庆市黔江中心医院成为重庆大学第五所直属附属医院——重庆大学附属黔江医院。

2023年11月，重庆大学医学院获批临床医学博士后科研流动站。11月8日，重庆市人民医院挂牌重庆大学附属人民医院。