前身溯源

1902-1905年，学校前身安碧莎罗学校和志成中学、益智中学、湖光中学、麻斜中学等学校创办。

安碧莎罗学校

约清光绪二十九年（1903年）至光绪三十一年（1905年），学校前身法语训练班创建。

约光绪三十一年（1905年）至光绪三十三年（1907年），更名为安碧莎罗学校，校址迁往今坡头。

约宣统三年（1911年），学校校址迁往西营，即霞山。

民国18年（1929年），学校更名为法华小学；后更名为法华学校，办初中。

民国24年（1935年），停办初中。

民国34年（1945年），更名湛江市市立第一小学，校址在市二中霞山校区。

私立益智中学

学校前身是荟英祠，原是一封建式祠堂。

民国12年（1923年），组建私立益智学校，校址今市一小。

民国15年（1926年），更名为私立益智中学，开办初中。

民国28年（1939年），学校开办高中，校址今麻章区湖光岩。

民国34年（1945年）底，更名为中正中学。

民国35年（1946年）秋，更名为私立益智小学。

民国36年（1947年）秋，更名为私立益智中学，开设初中。

1949年秋，开设高中。

私立志成中学

民国34年（1945年），学校前身私立志成小学创建。

民国35年（1946年），更名为私立志成中学，校址民享路尾四十间；后更名为正义中学。

湖光中学

民国34年（1945年），学校前身私立益智中学创建。

约民国35年（1946年），更名为中正中学。

1950年，更名为湖光中学。

私立麻斜中学

合并建校

1950年10月，由已在现址的市立一小、正义中学两所学校校长受政府委派接收私立中正中学，亦迁入现址，改名湛江市第二中学。

1951年至1953年，麻斜中学和益智中学先后并入。

1960年，学校被评为湛江市重点中学。

1968年，学校高中部迁往录塘，再迁三岭山，立名湛江市工农学校，先后开办平乐、新场农村分校。

“文化大革命”后，平乐、新场农村分校撤回。

1978年，学校再次被评为湛江市重点中学。

1997年，与湛江海洋大学合办湛江海洋大学附属中学（初中）。

2000年，湛江海洋大学附属中学停招新生；同时，新自办湛江市港城实验中学（初中）。

2005年9月，学校高中部开始搬迁至位于开发区的新校区。

2007年，湛江市港城实验中学并入湛江市第二中学；同年，创办湛江二中港城中学。

2008年5月，学校被评为首批广东省国家级示范性普通高中；同年7月，学校组建湛江二中教育集团。

2015年7月，学校高中部搬迁完成。

2018年9月，学校小学部正式开学。

2021年3月，学校入选广东省中小学劳动教育特色学校。