支付宝为公益机构提供免费的即时支付服务，以汶川地震开通网络募款通道为例，包括希望工程、中国扶贫基金会、中国儿童少年基金会、壹基金等300多家企业、公益机构都接入了支付宝，支撑了中国公益9成以上网募站点。

2010年支付宝e公益平台上线，公益机构可以自主发布公益项目，通过全民力量推进公益进一步透明化发展。截止2013年5月，该平台捐助已超过1亿次，累计捐款金额也达到1·21838388013亿 元，网络公益捐款正式迈入亿时代。

2013年，支付宝钱包推出服务窗功能，以及“爱心捐赠”公益应用。

2016年8月，支付宝上线“蚂蚁森林”互联网公益活动。

2017年1月3日，支付宝上线公益账户，每个普通用户的公益足迹和爱心“资产”均可记录和查询。

2022年2月6日，中国女足夺得亚洲杯冠军。支付宝宣布奖励中国女足1300万元，其中1000万元为球队奖金，300万元奖励水庆霞率领的教练团队。

2022年2月，支付宝“十年十亿”计划启动三年，中国女足已获2·5亿元资金支持。

2022年4月7日，支付宝公司通过蚂蚁公益基金会向上海市医务工会、上海尚医医务工作者奖励基金会（上海市卫健委主管下基金会）捐赠2000万元，用于奖励、慰问奋战于疫情防控一线的医务工作者。

2023年12月18日23时59分，甘肃临夏州积石山县发生6·2级地震，震源深度10千米。鉴于灾情严重，支付宝公益平台已经联合救灾联盟机构伙伴，第一时间启用支付宝爱心网友捐赠的备灾资金，支持一线抗震救灾。支付宝公益平台也将尽快上线积石山抗震救灾专题筹款。