张掖市畜牧兽医局设5个内设机构：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案、接待等机关日常工作；承担安全生产、保密、信访、矛盾纠纷排查工作；组织制定机关内部规章制度；负责重要工作的督查督办。负责编报部门预算并执行；指导、监督局属单位财务、国有资产、政府采购管理工作；汇总上报财务报表；管理专项资金；负责机关后勤服务等工作。承办组织、人事、劳动工资和科级干部的选拔、考察及申报工作；负责机关党务及局属各单位党的组织建设工作；做好老干部工作；承办纪检监察工作。

（二）畜牧科

拟订畜牧业中长期发展规划和年度计划、畜产品市场体系建设规划和产业化经营规划并组织实施；承办畜牧建设项目的立项、初审、上报工作并协助实施；参与协调畜牧业及畜产品加工业结构调整、规模养殖和龙头企业发展，负责畜产品基地建设；承办畜产品品牌建设有关工作；负责畜牧经济信息统计工作；协调局属业务站开展技术推广等业务工作。

（三）兽医科

负责动物防疫体系建设，管理动物防疫、检疫工作，承办官方兽医与执业兽医有关工作；组织协调畜牧业投入品的质量检验、监测、鉴定和执法监督管理；负责畜产品安全标准认证和监督管理工作；组织实施动物产品质量安全监测和信息工作。负责本部门的政务公开、行政审批和行政执法工作；承担行政复议工作。

（四）草原水产科

拟订全市草原渔业生态建设规划；负责天然草原恢复与建设和草原防火工作；指导人工种草和牧草种子繁育基地建设；组织协调草产品的加工和流通；负责渔种资源、水生野生动物和渔业水域生态环境保护工作；负责全市渔船检验和渔政监督管理；负责渔用饲料及饲料添加剂、药品和水生动物防疫检疫及水产品市场监督检查。

（五）科技信息科

拟订畜牧业科研、技术推广规划、计划；组织畜牧、渔业科研、技术引进、成果转化和推广工作；负责信息化建设；组织畜牧、渔业技术培训和科技人员的再教育等工作；协助进行农村劳动力转移就业培训和帮扶工作；负责管理知识分子、专业技术人员和职称评审工作；对行业学会、协会进行指导和管理。