根据上述职责，市交通运输局设8个内设机构：

办公室。组织协调局机关日常工作；起草重要报告和综合性文件，负责有关重要会议的组织；负责文秘、综合调研、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、机关办公自动化建设与管理；负责协调交通突发事件应急管理工作；负责局机关的后勤接待工作。

（二）法制科。

拟订国家有关交通运输法规、政策的实施办法并组织实施；负责行政复议、行政应诉、行政赔偿和执法监督工作；负责重大交通运输行政处罚的备案审查工作；负责规范性文件的审查工作；指导交通运输行业精神文明建设和执法队伍建设；负责政务公开及其它法律事务。

（三）计划统计科。

组织拟订公路、水路交通运输行业发展规划、中长期计划、公路水路年度计划、交通运输行业各专项建设计划；调控并监督各项计划的实施，参与拟订物流业（含站场）发展战略和规划，拟订有关政策，并监督实施。负责交通建设项目的预可、工可和设计审批、审查报批及后期评估工作；负责交通建设项目设计文件的审批、审查；负责公路水毁或交通行业其它补助经费计划的编制与审核; 负责公路、水路行业固定资产投资、运输量统计工作；负责对行业综合统计数据的分析、发布和信息预测等工作；监督管理公路、水路交通地理信息（gis）系统。

（四）基本建设科。

负责全市公路、水路交通基础设施建设的管理与监督；组织拟订公路、水路交通基础设施建设行业政策和技术标准；负责管理和监督全市公路、水路交通基础设施建设市场，维护平等竞争秩序；负责对公路、水路交通建设工程招标实施管理与监督；负责组织管理市管公路工程（含干线公路，一般公路大修、隧道建设、大桥以上桥梁建设工程）和汽车站（场）、航道（含港口码头）工程项目建设，指导和管理区县农村公路建设；监督管理公路、水路建设工程质量和定额造价，交（竣）工验收工作。

（五）运输管理科。

负责全市公路、水路运输、城市公共客运的宏观管理及站场、港口、码头、车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；指导交通运输企业的产业结构、产品结构、运输结构调整工作；负责组织重点物资运输和交通通讯网的建设与管理工作；归口管理联营联运工作；负责制定有关政策以及运输线路运力等的布局和宏观调控规划，负责指导制定全市公路、水路运输、城市公共客运发展线路及运力调控计划，指导和协管运输及相关业务价格；按规定承担物流市场有关管理工作；指导全市交通运输行业节能减排工作。

（六）安全监督科。

负责全市公路水路交通安全和交通运输企业安全生产的监督管理工作；组织实施安全生产有关的法律、法规和规章，拟订有关法规和规章的具体实施办法，参与交通运输系统重、特大恶性事故的调查处理工作；负责危险货物运输人员上岗资格证核发。

（七）财务科。

负责指导、监督全市交通运输行业的财务会计工作；组织制定有关规章制度并监督执行；负责局机关及局直属单位国有资产管理工作；负责交通基本建设资金的监督管理工作；指导交通建设投、融资管理工作；指导局直属单位的部门预决算工作；负责局机关财务收支和会计核算及交通系统内部审计工作。

（八）人事科（科学技术科）。

负责局机关和局直属单位的党群、人事、劳动工资、机构编制、人事档案、职工养老和医疗保险、交通行业技术工种职业技能审查、等级考核等工作；协助有关部门组织、指导交通专业技术人员职务评聘和人才交流、智力引进工作；负责指导交通行业的思想政治工作；负责全市交通系统成人教育、职业技术教育和继续教育；组织拟订交通科技、教育发展、规划和计划，组织交通科技项目攻关并促进科技成果推广；归口管理交通行业的标准、计量和科技信息工作；负责局机关退休人员管理服务工作，指导直属单位的退休人员管理服务工作。

机关党组织、纪检监察、群团机构按有关规定设置。