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截至2020年10月，中国医学科学院/北京协和医学院医学信息研究所/图书馆馆藏外文印本期刊3400余种，2200余种为独家刊，国内外医药领域专业数据库百余种。建有中国生物医学文献服务系统，建成生物医学科技论文预印本、医学健康舆情、西太平洋地区医学索引、公众健康知识服务等系列平台。

学术期刊

《中国医学科学院学报》为双月刊，主要设有院士论坛/述评、专家论坛/述评、论著、综述、技术方法、经验交流、研究简报、论著摘要、病例报告、科技消息、书评等栏目，被美国生物医学文献联机数据库medline（pubmed、网络版）、荷兰医学文摘数据库（embase）、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（ca）、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（wprim）、世界卫生组织《医学增补文摘》光盘数据库（extramed）、波兰《哥白尼索引》（ic）、日本科学技术振兴机构中国文献数据库（jst）等数据库收录。

《chinese medical sciences journal》 (中国医学科学杂志)是由中国医学科学院编辑和出版的高级综合性医学刊物。为季刊，64页，大16开本。本刊旨在向国外介绍中国在医学科学方面所取得的成果（包括基础医学及临床医学），以促进国际间的学术交流。本刊设有述评、论著、综述、短篇报道、研究简讯、会议报道等栏目。编委会由国内著名的医学研究所及大学的近四十名专家组成，另外尚有17名国际编委。

《医学信息学杂志》是由国家卫生健康委员会主管、中国医学科学院主办、中国医学科学院医学信息研究所编辑出版的国家级刊物，月刊；是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、rccse中国核心学术期刊。主要栏目有专论、医学信息研究、医学信息技术、医学信息资源管理与利用、医学信息教育。

《中国卫生政策研究》杂志是国家卫生健康委员会主管，中国医学科学院主办，医学信息研究所和卫生政策与管理研究中心承办的卫生政策与管理领域专业学术期刊。主要栏目是专题研究、医改评论、医疗保障、药物政策、社区卫生、农村卫生、医院管理、国际卫生、公共卫生、理论探索、经验借鉴、书评等。

《医学研究杂志》（原名《医学研究通讯》，2003年更名），于1972年创刊，为中华人民共和国国家卫生健康委员会主管，中国医学科学院主办，中国医学科学院医学信息研究所《医学研究杂志》编辑部编辑出版的国家级医学学术杂志。主要栏目有：专家论坛、特别关注、医学前沿、论著、综述与进展、医学教育等。

《中国医药导报》杂志是国家卫生健康委员会主管、中国医学科学院主办的医学综合类科技核心期刊，是中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、美国化学文摘（ca）收录期刊、美国《乌利希期刊指南（网络版）》收录期刊、中国科技论文与引文数据库收录期刊、中国学术期刊网络出版总库收录期刊、中国生物医学文献检索分析数据库收录期刊、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库收录期刊。

《中国现代医生》杂志是由国家卫生健康委员会主管，中国医学科学院主办的国家级医疗卫生专业学术期刊。中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，中国核心期刊（遴选）数据库、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库-cmcc和中国生物医学期刊引文数据库-cmci收录期刊，并被浙江、陕西等多数省（自治区、直辖市）的卫生主管部门列入《评审卫生高级专业技术资格》发表学术论文的指定刊物，所刊登的文章被万方数据-数字化期刊群和万方医学网、中国知网和中国学术期刊网络出版总库、中文科技期刊数据库全文收录。