据2016年6月研究所官网显示，中国科学院青藏高原研究所累计发表sci论文1353篇（2014年203篇），总被引频次达15726次。由姚檀栋院士任主席的第三极环境（tpe）国际计划被列入联合国教科文组织（unesco）的旗舰计划，同时获环境问题科学委员会（scope）和联合国环境署（unep）共同支持。

2009年，中国科学院青藏高原研究所共有在研项目92项，其中国家重点基础研究发展计划（973）项目1项、课题5项，国家科技支撑计划项目1项；国家自然科学基金“杰出青年基金”项目2项、重点项目5项、重大国际合作项目3项、面上项目32项、青年科学基金13项；中国科学院知识创新工程重要方向项目7项，中国科学院国际合作重点项目2项；国际合作项目4项（国外来源）；与地方政府合作项目2项。

据2016年6月研究所官网显示，该所设科研在研项目主要包括：青藏高原先导专项b，科技部全球变化研究专项2项，国家科技基础性专项1项，973课题9项，基金委重大项目2项，重点基金6项，基金委创新群体2项，杰出青年基金5项，优秀青年基金3项。“青藏高原冰芯高分辨率气候环境记录研究”项目荣获2014年度国家自然科学奖二等奖。

2022年，中国科学院青藏高原所丁林院士带领的碰撞隆升及影响团队，在《科学通报》发表最新成果，揭秘香格里拉的前世今生。

2023年5月27日，由中国科学院青藏高原研究所、地理科学与资源研究所领衔完成的《人类活动对青藏高原生态环境影响的科学评估》对外发布。

2024年6月，中国科学院青藏高原研究所科研团队首次获取了青藏高原对流层大气廓线的连续3年观测数据，可为青藏高原天气过程和环境变化研究、恶劣天气临近预报等提供数据支撑。

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