2002年，路甬祥院长就与德国马普学会markl主席达成共识，并提议由中国科学院（cas）、马普学会（mpg）和德意志研究联合会（dfg）共同成立一个伙伴计划（partner program），筹划青藏所建所方案等问题，并在将来共同开展纯科学的合作研究。

2003年3月3日，中国科学院正式任命了青藏高原研究所的领导班子成员，12月2日，中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原研究所的成立。

2003年7月10日，中国科学院青藏高原研究所承办了“全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥一行西藏考察活动”。

2003年10月，院人教局《关于下达2003年事业编制控制数的通知》（人教字〔2003〕43号）中核定了中国科学院青藏高原研究所拉萨部及北京部的创新岗位编制数。随后，批复了青藏所《关于上报创新人员编制组成的报告》。

2003年10月21日，中国科学院青藏高原研究所承办了“青藏高原综合科学考察研究30年”学术活动。

2003年12月31日，中国科学院发了科发人教字〔2003〕374号文件《关于成立中国科学院青藏高原研究所等四个单位的通知》文件。

2004年，计划招生18位博士生、12位硕士生，并已经完成了博士、硕士点的申报工作。

2004年8月，中国科学院青藏高原研究所承办了“第四届青藏高原国际学术研讨会”。

2014年1月21日，中国科学院青藏高原地球科学卓越创新中心依托青藏高原所成立。

2024年6月，中国科学院青藏高原研究所地气相互作用与气候效应团队利用青藏高原及邻近周边地区的8个无线电探空站，组成了覆盖青藏高原西风、季风传输断面的大气立体观测网，可全天候实时观测青藏高原对流层大气中的氧气、水汽、风速、风向、气压等数据。