扬州市东关小学始建于清光绪二十八年（1902）四月，校址在琼花观街淮南书局（原琼花观街111号，现文昌中路241号），学校由两淮盐运使程仪洛拨款筹建。学校初名笃才学堂，堂长夏廷玉。

光绪三十二年（1906），改名为两淮高等小学堂。解放前，学校先后更名为两淮高等小学堂、江都县立初级中学、江都县立第一标准小学、江都县立实验小学校、江都县立城东小学、江都县立模范小学、江都县立官巷镇中心国民学校。

1949年1月25日，扬州解放，2月改名为扬州市琼花观小学，后相继更名为扬州市城北区中心小学、扬州市东关中心小学。

2005年秋学期，学校在扬州市最大的安置小区文昌花园社区首创名校复制公办学校，兴办了东关小学文昌校区。短短的几年，文昌校区已经由开班时的一个年级3个班，不足100名学生，发展到五个年级16个班近600名学生。预计2010年，文昌校区将基本形成四轨建制的完全学校。东关小学的品牌介入，高位均衡的强势拉动，小班化的特色运转，使得文昌校区从开办初期就具备了其他新校无可比拟的优势。学校办学质量逐年攀升，得到了市、区两级政府的高度肯定。前江苏省委书记李源潮视察后说“这是名校发挥品牌资源的有效扩张，做得好。”