根据以上职责，自治州民族宗教事务委员会设4个职能处（室）。

（一）办公室

协助委领导处理日常工作；负责机关政务、事务的综合协调和行政后勤管理工作；负责机关文秘、信息、档案、信访、保密、督查督办、安全保卫、财务、计划生育、办公自动化等工作；组织机关重要文件起草和发文的把关工作；负责机关及直属单位的人事、机构编制、劳动工资、社会保障等工作；协助有关部门审核居住境外的少数民族同胞和宗教爱国人士有关回国探亲、旅游、定居等事宜；组织接待少数民族、宗教人士的学习、参观、考察团以及国（境）外民族、宗教访华团组的活动安排工作；办理人大代表、政协委员关于民族宗教事务方面的提案（议案）；负责组织和承办民族自治地方庆典活动的有关事宜；负责离退休老干部管理和机关后勤服务工作。

（二）政策法规宣传处

监督检查民族区域自治制度建设和民族区域自治法的贯彻实施情况，监督和协调处理有关保障少数民族合法权益的事宜；组织对我州少数民族人权状况、妇女儿童状况和散杂居少数民族人权情况的调查研究，配合有关部门拟定有关自治州少数民族人权情况报告等事宜；负责监督检查少数民族成份的鉴定工作，办理民族乡的有关事宜；配合政法部门做好反对和抵制国内外敌对势力及民族分裂势力的渗透、颠覆、破坏活动并提出对策建议；研究协调民族关系的原则、方法，促进各民族间的平等团结，互助合作，协助有关部门处理民族关系中的重大事宜；会同有关部门开展民族团结教育活动，组织和承办自治州民族团结进步表彰活动和自治州“五好宗教活动场所”、“五好宗教人士”表彰活动；整理、编撰民族、宗教工作方面的主要文献。组织、监督、检查贯彻落实少数民族文化、艺术、卫生、体育、新闻出版等方面的特殊政策和规划；配合有关部门做好少数民族计划生育工作；主办自治州少数民族传统体育运动会，组织参加全国、自治区少数民族传统体育运动会；会同有关部门做好少数民族图书、音像制品和涉及民族、宗教政策问题的文章、材料、书刊的审查和审核；会同有关部门做好民族、宗教的对外宣传工作；会同有关部门调查研究自治州民族教育改革发展问题并提出意见和建议，配合教育主管部门承办对民族教育的援助、扶持工作和管理民族教育补助费；协助有关部门做好大、中专院校的招生工作；组织开展民族、宗教法律、法规和政策的宣传教育工作，并监督检查贯彻执行情况。联系少数民族干部，配合有关部门做好少数民族干部的培养、选拨推荐工作；协助有关部门制定有关培养、教育和使用少数民族干部的政策并监督检查；管理民族宗教系统有关涉外工作；负责培训民委、宗教系统干部。

（三）经济发展处

参与研究促进自治州少数民族经济发展的特殊政策和措施；组织调研农村牧区、边境地区、贫困地区少数民族经济发展中的有关问题，配合有关部门承办扶贫事宜；会同有关部门协调和做好发达地区与自治州科技发展、对口支援、经济技术协作工作；会同有关部门管理国家给予民族地区的专项贷款、专项资金和项目选报工作。

贯彻落实国家和自治区有关民族贸易和民族用品生产的方针、政策；研究、协调和解决民族贸易和民族用品生产工作中的重要问题。

（四）宗教处

负责伊斯兰教、佛教、基督教、天主教、东正教、道教等宗教方面的工作。依法加强对宗教事务的管理；加强对宗教活动场所的管理及组织、复查年检工作；负责办理宗教活动场所的修建、维修、自养和宗教房产事务；调查研究各教活动中的新情况、新问题，做好反渗透工作；负责组织朝觐工作；参与有关宗教经费的管理工作；管理宗教团体内部使用的宗教出版物的印刷；制定培训宗教教职人员的规划、计划；负责提出教职人员的培养、选拨意见；负责办理经文班（点）的有关事务；协助宗教院校做好招生工作和毕业分配工作；指导各县市举办经文班（点）的教学工作；负责宗教人士的思想政治教育；负责各教的信息工作及处理来信来访。