壹基金是独立的法人机构，严格按照国家法律及《章程》进行治理。理事会是最高决策机构，执行委员会行使常务决策权力，监事会紧紧围绕“决策、执行、监督”三权分设的制衡机制，与理事会、执委会共同防范风险，促进稳健发展。

第四届理事长：马蔚华

第四届副理事长：马化腾

荣誉理事：柳传志、马云

第四届理事：马蔚华、马化腾、李连杰、王石、牛根生、冯仑、俞敏洪、柳青、孙利军、周惟彦、李弘

第四届监事：吴晓波、白涛（第三位监事待定）

第四届秘书长：李弘

投资委员会：冯仑、马蔚华、马化腾、柳青，主席：冯仑

发展委员会：俞敏洪、王石、金建杭、江阳、雷永胜、居劲松、张华莹、李劲，主席：俞敏洪

预算委员会：马蔚华、吴君亮、张敏、李弘、李君香，主席：马蔚华