办公室

负责文电、会务、接待等机关日常运转工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、机要保密、档案、信访、督促检查和综合协调等工作；组织办理建议、提案；负责局机关和直属单位社会治安综合治理工作；负责局机关行政和资产管理工作。

政策法规科

组织开展交通运输政策研究，指导有关体制改革工作；组织拟订、审核交通运输规范性文件；指导和承担公路、水路交通行政执法、执法监督和有关行政复议、行政应诉工作；负责局机关和直属单位的依法治理工作；按照一个窗口对外、一站式服务的要求，负责本机关行政审批事项的集中受理、全程协调服务和跟踪督办，对其中一般性的行政审批事项及“即办件”直接办理审批手续。

综合交通科

承担涉及综合运输体系的规划协调工作，会同有关部门组织全市综合运输体系规划；承担协调服务民用航空、铁路、邮政等工作；组织编制全市公路、水路行业中长期发展规划，参与拟订物流业发展战略和规划；指导全市城乡客货运及有关设施的规划和管理。

计划科

拟订全市公路、水路固定资产投资规模、建设项目，编制年度计划，按市政府规定权限审查、审批交通固定资产投资项目；指导农村公路建设管理有关工作；承担港口岸线使用审查工作；负责交通建设项目的立项工作；负责交通车船技术改造计划、交通扶贫等综合管理工作；负责行业统计工作；指导全市公路、水路行业环境保护工作；承担交通战备有关工作。

建设管理科

拟订全市交通建设和养护市场、工程质量相关制度和技术标准并监督实施；按规定负责市交通重点工程建设项目的审查、招投标、施工许可、竣工验收等工作；指导全市交通建设和养护技术管理工作。

财务科

拟订交通运输系统财务和审计管理制度并监督实施；拟订公路、水路有关规费征收、管理和使用制度并监督实施；负责政府投资交通重点工程建设项目资金筹措和监督管理；负责局机关财务管理工作；承担部门预算、政策采购、投资融资、银行信贷等有关管理工作；承担直属单位财务和国有资产监管、内部审计工作。

运输科

拟订全市道路、水路运输、交通运输物流有关政策措施、制度、标准、规范并监督实施；负责全市道路、水路客货运输、机动车维修经营及驾驶员培训等行业管理；指导路政、运政管理工作；承担物流市场有关管理工作；指导行业节能减排工作；按规定组织协助国家重点物资和紧急客货运输。

安全监督科

贯彻落实全市公路、水路安全生产政策，拟定应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；负责督促指导全市港口、水上交通安全监督管理及船舶检验工作；组织协调公路、水路有关工程建设安全生产监督管理工作；依法组织或参与重大突发事件的协调处置和有关事故的调查处理工作。

科技教育科

组织拟订全市公路、水路行业科技、信息、教育发展有关政策措施、制度并监督管理；组织协调有关重大科技项目研究；组织协助涉及综合交通运输的标准、质量和计量工作；指导全市公路、水路行业人才队伍建设；指导公路、水路行业职业教育、岗位培训工作。

人事科

负责局机关和直属单位机构编制管理、人事管理、劳动工资、技术职称、工人考核等工作，负责思想政治工作和精神文明建设；负责全市交通运输系统劳动工资统计工作；承担有关智力引进和对外劳务合作工作，负责出国（境）人员政审工作；负责局机关和直属单位的党群工作，组织协调新闻宣传工作。