根据上述职责，市科学技术局设4个内设机构：

（一）政秘科

负责局机关党政日常管理工作；负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；参与拟定全市重大科技投入政策和科技经费管理办法；负责机关文电、机要、档案、财务、安全保密和信访等工作；承办人大建议和政协提案事项；负责机关、直属单位机构编制、人事劳资和目标责任考核；负责科技系统干部队伍建设、精神文明建设、党风廉政建设及群团工作；负责编制科技经费预决算并监督执行；负责本部门基本建设、国有资产监管和离退休干部管理工作。

（二）发展计划科

编制全市科技发展规划和年度计划，确定科技发展重大布局、重大科技创新及产业化项目，并组织实施；负责科技示范基地建设、科技示范园区建设、科技星火密集区建设、基础研究等发展计划项目的申报、评估、评审、论证，提出经费安排建议并组织实施、检查验收；组织向中省申报相关科技计划项目，负责协调各类科研、科技机构建设、科技创新公共服务平台建设、工程技术中心建设工作；负责科技统计和科技信息网络建设；承担民营科技企业的认定、管理和高新技术企业专业技术人员职称管理工作。

（三）成果与市场科

负责科技成果的管理和保密工作；制定科技成果推广办法；编制实施技术转移和重点科技成果推广计划、技术市场发展规划；负责科技推广计划、成果转化项目的检查验收；负责市科学技术奖的组织评审和省科学技术奖的推荐工作；承担技术成果和技术合同的认定、登记等工作；承办科技外事工作及政府间双边、多边和国际组织间科技合作与交流事宜；组织实施对外科技合作计划。

（四）农村与社会发展科

执行国家有关科技促进农村发展的规划和政策，提出社会发展、农村及农业科技攻关计划综合平衡和经费配置的建议；负责社会发展计划项目的申报、组织实施和检查验收；负责指导农业科技园区、科技扶贫、科学技术普及和涉及人口健康、医药卫生、生态环境、防灾减灾、公共安全、节能减排、新能源等社会公益方面的科技工作；负责建设工程地震安全性评价报告和抗震设防要求意见的审核备案；参与建设工程验收工作；负责农业科技服务体系建设。

纪检、监察机构按有关规定设置。