财务科：主要职责是负责局机关财务和国有资产管理工作；负责局所属二级单位的财务审计，监督局所属二级单位的国有资产管理；负责全局妇女工作、共青团工作、工会工作和老干部工作；负责全局计划生育工作;负责局领导交办的其它工作。

法制宣传科：主要职责是在局法制工作领导小组的领导下，负责全局的法制工作；负责组织环境行政处罚案件集体审议工作。负责全局环境行政处罚案件的审核工作和案件执行情况的检查督办工作；负责环境行政案件的听证、复议及案件的移送结案工作；负责环境法制咨询服务工作；负责全局环境信访工作。负责建立健全局环境信访的各项规章制度。收集各种信息、资料，接待有关单位检查。综合协调、指导监察、监测部门开展信访调查的基础工作。牵头组织重大环境信访案件的调查处理和回复工作；负责人大代表、政协委员建议、提案的办理回复工作；负责全市环境保护宣传教育工作。负责制定宣传教育计划，组织开展各项活动；负责全市环境新闻的审核把关工作，负责全市各类环境信息发布工作；负责全局信息平台的建设和管理工作，及时更新各类环境信息；负责绿色学校、绿色社区、绿色家庭等绿色创建系列活动的组织、协调和指导工作；负责局领导交办的其它工作。

生态保护与科技监测科：主要职责是负责组织环境保护规划、计划编制工作；负责环境保护科技工作；负责环境保护的各类专项调查以及各类重大环境事项的调研工作。推广应用环境保护科学技术，指导环境监测、环境科研等部门拓展服务领域；负责各种环境保护项目申报及资金引进工作；负责生态建设和保护工作；负责强制性清洁生产审核；负责局领导交办的其它工作。

污染防治科：主要职责是负责全市污染物总量控制及减排工作；负责排污许可证的审批和核发工作。负责指导监察、监测部门开展实施排污许可证制度的基础工作；负责有毒化学品、放射性物品和有毒有害废物的管理工作；负责全市突发环境污染事故应急处理工作。负责《仙桃市突发环境污染事故应急预案》编制及响应和组织协调。负责建立仙桃市企业突发环境污染事故应急预案档案库，组织突发环境污染事故应急演练。负责指导监察部门对企业突发环境污染事故应急预案落实情况的检查和督办工作；负责全市环境保护目标考核责任制工作；负责城市环境综合整治定量考核及汉江流域水污染防治目标考核工作；负责环境统计工作；负责污染源限期治理、停产治理工作，并对相应的污染防治设施组织竣工验收；负责局领导交办的其它工作。

行政审批科：主要职责是负责按照科学发展观的要求，开展全市建设项目环境保护管理工作；负责局进驻市行政服务中心工作，综合协调进驻行政服务中心的所有环境行政审批事项；负责组织各类规划环评的编制和评审工作，并负责按评审通过的规划环评意见开展管理工作；负责组织建设项目环境影响报告书（表）的评审工作。负责建设项目环境影响报告书（表）的审批工作；负责建设项目“三同时”工作，并组织竣工验收；负责指导监察部门查处违法建设项目。负责收集建设项目执行环境保护法律法规情况，并向有关部门通报；负责局领导交办的其它工作。

办公室：主要职责是负责协助局领导处理机关日常行政事务工作以及党务、人事工作，综合协调局内各科室及所属二级单位工作，按局领导的要求，对重要工作进行督办；负责组织制订局机关各项工作制度，并监督执行；负责各种全局性会议的组织工作，并督促检查会议决定落实情况；负责组织起草各种会议的领导讲话材料。负责起草和审核以局名义发布的各种文件。负责汇总或审核以局名义对外对上报送的各种数据和文字材料；负责局机关文、电和印章的运行和管理；负责局机要、保密、保卫、路段管理、消防和档案工作；负责局社会治安综合治理；负责全局党风廉政建设和纪检监察工作，组织党风廉政建设宣传教育活动；负责对全局干部职工执法执纪行为进行监督检查；负责机关车辆管理、来客接待、文印室管理工作；负责全局岗位培训和继续教育工作。负责制定全局各类学习计划，并组织实施。协助局领导抓好精神文明建设工作；负责市环境保护委员会办公室日常工作；负责省局对本局工作目标考核的组织工作。负责拟定局科、室、支队、站、所年度目标责任书，并做好责任书考核的组织和协调工作；承办局领导交办的其它工作。