纳税服务和宣传中心

主要职责：负责12366纳税服务热线管理和纳税服务平台业务运维工作；承担税收宣传工作。

信息中心

主要职责：负责信息化建设的技术支持、保障工作；组织实施机关及本系统信息安全管理工作。

机关服务中心

主要职责：负责机关后勤事务管理、保障和服务工作。

税收科学研究所

主要职责：组织实施税收、社会保险费和有关非税收入科研工作。

新疆维吾尔自治区税务干部学校（中共国家税务总局新疆维吾尔自治区税务局党校）

主要职责：承担系统党员党性教育和干部教育培训的具体实施工作。