（一）办公室。负责机关日常运转工作。承担信息、安全、机要保密、档案、政务公开、信访、后勤保障工作。承担综合性文稿起草工作。负责机关和所属单位宣传、文明创建、综合治理等工作。

（二）人事科。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作。指导全市公路、水路行业人才队伍建设。指导全市交通运输行业工会工作。

（三）财务审计科。做好政府投资交通重点工程建设项目资金筹措和监督管理工作。承担部门预算、政府采购、投资融资、银行信贷等有关管理工作。承担机关及所属单位财务、资产管理、内部审计、统计等工作。负责所属单位财务监督和资产管理。

（四）政策法规科（应急办公室）。拟订全市公路、水路安全生产措施和应急预案并监督实施。指导有关安全生产和应急处置体系建设。督促指导全市港口、水上交通安全监督管理及船舶（含渔船）检验工作。组织协调公路、水路有关工程建设安全生产监督管理工作。依法组织和参与重大突发事件的协调处置及有关事故的调查处理工作。指导全市交通运输行业体制改革和执法队伍建设。拟订交通运输地方规范性文件并进行合法性审查。指导和承担公路、水路交通执法监督和有关行政应讼工作。

（五）计划科。组织编制全市公路、水路行业中长期发展规划。拟订全市公路、水路固定资产投资规模、建设项目，编制年度计划，负责重点交通建设项目的前期工作。指导农村公路建设管理有关工作。负责行业统计工作。指导全市公路、水路行业环境保护和利用外资工作。承担交通战备办公室涉及交通工作的国防动员和交通战备有关工作。

（六）建设管理科。拟订全市交通建设和养护市场、工程质量管理实施细则、办法和措施并监督实施。开展交通建设工程质量事故处理工作。负责全市交通重点工程建设项目竣工验收等工作。组织协调涉及综合交通运输的标准、质量和计量工作。

（七）综合运输科。承担涉及综合运输体系建设的规划协调工作，会同有关部门组织编制全市综合运输体系规划。协调服务铁路、民航、邮政等行业项目建设与发展。拟订全市公路、水路运输管理措施、细则等并监督实施。参与拟订物流业发展规划和交通运输物流管理措施、细则等并监督实施。承担交通运输物流行业和市场管理工作。负责全市公路、水路客货运及驾驶员培训等相关辅助业的行业管理。指导全市城乡客运及客运站场设施的规划和管理。按规定组织协调国家重点物资和紧急客货运输。

（八）行政审批科。做好交通运输领域行政审批事项的受理、协调和办理工作。

机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。

离退休干部科。负责离退休干部工作。