厦门航空主营国内航空客货运输业务、福建省及其他经民航总局批准的指定地区始发至邻近国家或地区的航空客货运输业务，航空公司间的业务代理，兼营航空器维修、航空配餐、酒店、旅游、广告、进出口贸易等业务。厦门航空获得国际航空运输协会“iosa营运人”注册证书，是国际航空运输协会的正式会员。厦门航空塑造出“安全、优质、诚信”的品牌。

厦门航空下辖福州、杭州、南昌、天津、北京、长沙、重庆、泉州、上海九个分公司。以厦门、福州、杭州、长沙、北京为运营基地，重庆、天津、长沙、南昌、泉州、武夷山为第二枢纽，经营至全国各大中城市以及港澳台、新加坡、马来西亚、泰国、日本、韩国、印度尼西亚等240多条国内、国际和地区航线，在境内外四十几个大中城市设立了办事处和营业部。构筑东南亚往来中国大陆的便捷通道，并努力发展成为连接台湾海峡两岸的重要纽带。厦门航空成立以来，连续26年保持盈利。已发展成为一家拥有纯波音干线机队的全国第六大航空公司。到2013年末，厦门航空将拥有波音飞机100架以上。

厦门航空机务部经民航适航管理部门审查批准，可从事波音757客机飞机c8检、波音737客机/波音757客机飞机的c4检和中检、波音737客机/波音757客机飞机的航线维修、"c"检以下的各级定期维修、发动机更换、jt8d-17型发动机的热检、刹车组件的修理、apu的热检以及无损探伤等维修项目。

厦门航空是参与2005年台商春节包机（即后来的台湾居民包机）的航空公司之一。于2005年1月29日，该公司编号mf881航班在该天首次接载台商由广州白云国际机场起飞，在上午9时45分成功降落台北桃园国际机场，厦航客机是仅次于中国南方航空公司第二架在台湾着陆的大陆航空公司客机。

2011年6月5日至7日，国际航协年会和全球航空运输业峰会在新加坡举行，厦航总经理车尚轮亲自率队参会，在会上正式递交加入世界三大航空联盟之一天合联盟（skyteam）的申请，获得天合联盟理事会的全票通过。之后天合联盟组成项目组检查厦航，就入盟涉及项目与厦航进行全方位的商谈对接，并与厦航商谈入盟协议，达成共识。入盟协议签署后，再经过12个月的联盟对标准备期，厦门航空已于2012年11月21日正式加入天合联盟，成为天合联盟的第19位成员，也是该联盟在大中华地区继中国南方航空、中国东方航空、台湾中华航空之后的第四个天合联盟成员。