筹建创业时期

1958年，西藏公学在陕西创建的。

1965年，改名为西藏民族学院。

1971年5月，西藏自治区党的核心领导小组发出“关于恢复西藏民族学院若干问题纪要”，决定恢复以前撤消的西藏民族学院，将校址从陕西迁回西藏；同年7月，西藏民族学院党委成立了“西藏民族学院迁址筹建处”；9月，在西藏林芝县八一新村选定校址。

1972年5月，西藏自治区革命委员会批准了“西藏民族学院总体规划”。

1973年5月，校舍房建工程正式开工。

1974年12月，西藏自治区党委决定西藏民族学院继续在陕西咸阳办学，西藏林芝筹建处改为“西藏民族学院林芝分院”，属地级事业建制，同月任命组建了分院党委。分院党委在“边迁校、边建设、边办学”的思想指导下，制定了“根据西藏建设需要，在生产实践中培养人才”的办学方向。同年，由西藏民族学院（咸阳）迁来了首批学生：农学65人，牧医61人，并在全藏首次招收兽医专业30人，果林专业39人，商业会计专业17人，工业会计专业23人，工商会计大专班25人，藏族干部文化补习生22人。到年底，在校生达282人。

1975年，从西藏民族学院（咸阳）又转入技工专业班一个40人，农业会计大专班一个14人、商业会计大专班一个30人、会计班一个14人，计划搬迁的西藏民族学院有关专业转移完毕。

巩固发展时期

1978年4月，经中华人民共和国国务院批准，西藏民族学院林芝分院正式更名为“西藏农牧学院”；同年9月，学校召开成立大会。

1984年，中央召开第二次西藏工作座谈会，确定国家农牧渔业部、林业部、水利电力部和西北农业大学、甘肃农业大学、南京林学院、武汉水利电力学院对口援助西藏农牧学院办学。

1985年，学校重新调整了专业设置，将农机水电系改为水利电力工程系，撤消财会系，将预科部改为基础教育部。

稳步提高时期

2001年，时任国务院副总理李岚清到西藏实地考察，提出了“重点支持西藏大学建设”的一系列重要指示，西藏自治区决定将原西藏农牧学院与原西藏大学合并组建新西藏大学，先后作出同时保留“西藏农牧学院”的牌子，“原有的人事、财务、领导体制暂维持不变”，以及“西藏大学对农牧学院实行松散式、科学的管理”的决策，学校一直相对独立办学。

2003年，学校拥有3个硕士学位授予点；同年，学校对系部及学科专业进行调整，原有农学、林学、畜牧兽医、水利电力工程4个系的所属专业重新布局，调整为植物科学技术系、动物科学技术系、资源与环境系、水利电力与土木工程系等4个系，将基础教育部更名为公共教学部。

2006年，学校启动了迎接教育部本科教学工作水平评估工作，在学科设置、软件管理、硬件设施等方面加大了建设力度。

2007年，在中华人民共和国教育部本科教学工作水平评估中，获得优秀。

开拓进取时期

2016年6月，经中华人民共和国教育部研究，同意在西藏大学农牧学院基础上建立西藏农牧学院。

2020年11月，学校被教育部认定为第三批国防教育特色学校。

2021年9月，学校被认定农业部为年度农业农村信息化示范基地。

2023年7月，西藏自治区教育厅发布公示，以西藏农牧学院为建校基础，设置本科层次学校西藏农牧大学。

2025年6月，中华人民共和国教育部发布关于同意西藏农牧学院更名为西藏农牧大学的函，同意西藏农牧学院更名为西藏农牧大学，撤销西藏农牧学院的建制；同年7月，西藏农牧大学举行揭牌仪式。