中院奠基

1896年，盛宣怀奉命在上海创办南洋公学。

1897年，延请美国人福开森博士担任监院，负责中院与上院校舍建设。

1898年春，南洋公学设立中院，学务由王植善主持，中院为南洋公学主体部分。

1904年夏，中院内设高等预科。

1909年，中院及高等预科改为中学，中院名称从此废除。

中学发展

1927年，原南洋大学附属初中、高小部分改组为私立南洋模范中学，原高中部分改为第一交大预科。

1938年，南洋模范中学迁至上海市天平路。

1956年，改为公办学校。

西迁建校

1956年，交通大学从上海开始迁往西安。

1959年，陕西省教育厅决定将交通大学旁边的原西安市第44中学作为交通大学（西安部分）附属中学。

1971年，学校收归西安市管辖，改为公办学校。

恢复重建

1981年，西安交通大学党委决定并报请教育部批准，拨专项经费在兴庆南路重建了西安交通大学附属中学。

省市重点

1991年，学校被陕西省教育厅、西安市教育局命名为两级重点中学。

曲江兴业

2006年12月，学校建设新校区，实施初中、高中分离。

2007年8月，交大附中曲江新校区正式投入使用。

2008年9月1日，高中部完成整体搬迁。

灿烂未来

2009年，被评为陕西省首批七所示范高中之一。

2018年1月，学校被授予全国国防教育特色学校。

2019年，学校被授予北京2022年冬奥会和冬残奥会奥林匹克教育示范学校。