1957年3月，西安交通大学成立党政联合档案室。

1982年10月，改名为综合档案室。

1987年4月，经原国家教委批准，在综合档案室的基础上，成立了档案馆。

2000年4月，西安医科大学、陕西财经学院与西安交通大学合并，两所学校的档案工作随之纳入西安交通大学档案馆统一管理。

2023年1月，西安交通大学档案馆和西安市档案馆联合申报的“交通大学西迁档案文献”入选《第五批中国档案文献遗产名录》。